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(無題) 削除/引用 No.8309-4 - 2019/10/14 (月) 16:38:17 - chip qPCR asan様、おお様 CHIPアトラスを参考に見てみます。 chipseqのデータはどこで入手できますでしょうか？ ダウンロード？後、どのようにしてファイルを開けば良いのかも教えていただけませんでしょうか？ コンセンサス配列についてはよくわからないので、過去のchipseqのデータから結合しそうな配列を探すのが良さそうと思いました。

(無題) 削除/引用 No.8309-3 - 2019/10/09 (水) 10:02:29 - おお 調べようとしている因子が認識するコンセンサス配列は調べられてないのですか？いまは修飾されたヒストンが存在しているところがゲノムにアサインされていたりするので（もちろん細胞や組織でパターンは違うだろうけど）探しやすいかもしれない。

(無題) 削除/引用 No.8309-2 - 2019/10/09 (水) 09:29:36 - asan Chip atras とか過去のchip seqとかの情報を参考にして色々くっ付いてるTSS周辺から設計するとか、コンセンサス配列の場所で候補を絞る。

CHIP qPCRのプライマー設計について 削除/引用 No.8309-1 - 2019/10/09 (水) 08:03:37 - Chip qPCR チップであるプロモーターに結合するのか見たいのですが、どのようにして結合するサイトを絞ってプライマー設計したら良いのでしょうか？ 報告のある転写因子とプロモーターの結合なら真似をして実験すればいいですが、結合するんじゃないか？制御してるんじゃないか？？と言う仮説を立てて、ゼロからやる際にどのようにしてプライマーの設計をしたら良いのかわかりません。TSSより上流で具体的にどのようにして結合配列をチップで特定すれば良いのでしょうか？

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