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論文の系統樹のデータの入手方法 トピック削除
No.8306-TOPIC - 2019/10/08 (火) 14:10:11 - ももたろう
ある論文の分子系統樹の元のデータ(塩基配列・アミノ酸配列)はどのように手に入れればよいのでしょうか。
教えていただきたいです。
 
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No.8306-9 - 2019/10/10 (木) 02:34:28 - おお
マテメソ読んだのかなぁ。。。論文読み始めて間もないようならなおさら隅々まで読むことをおすすめします。

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No.8306-8 - 2019/10/09 (水) 16:21:14 - ももたろう
ありがとうございます、とても勉強になります。
このようなデータベースもあるのですね。

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No.8306-7 - 2019/10/09 (水) 14:51:55 - 橘
SI Dataset 1はアライメント済みデータになってますよ。
NEXUS形式のデータをPDFにされてしまっているので、プログラムで読めるようにするのが面倒ですけど。
著者にPDFにする前のNEXUSファイルをリクエストすればくれると思います。

ジャーナルによっては、TreeBASE https://www.treebase.org/ にデータと系統樹が登録されていますので、こちらから探すこともよくありますね。

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No.8306-6 - 2019/10/09 (水) 11:30:35 - ももたろう
論文からのデータはこのように探すのですね。
アラインメントについて、必要と感じた際は聞いてみます。
皆様ご親切に教えてくださりありがとうございました。

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No.8306-5 - 2019/10/09 (水) 10:24:10 - ちき
ひょっとしてalignmentを知りたいということ? それなら著者に聞くしかないと思います。

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No.8306-4 - 2019/10/08 (火) 23:56:55 - おしゃ
元論文、拝見しました
SI Table 5 と SI Dataset 1 にアクセッションナンバーやデータがありますよ

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No.8306-3 - 2019/10/08 (火) 15:38:01 - ももたろう
Michael J. Moore氏が筆頭著者のUsing plastid genome-scale data to resolve enigmatic relationships among basal angiosperms
PNAS December 4, 2007 104 (49) 19363-19368; https://doi.org/10.1073/pnas.0708072104

です

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No.8306-2 - 2019/10/08 (火) 14:19:11 - おお
それは論文に載ってないのですか?普通載せる(配列でなくてもAccession#とか)。載ってないなら著者に聞くといいとおもう。ちなみにその論文がなにかここで開示できますか?

論文の系統樹のデータの入手方法 削除/引用
No.8306-1 - 2019/10/08 (火) 14:10:11 - ももたろう
ある論文の分子系統樹の元のデータ(塩基配列・アミノ酸配列)はどのように手に入れればよいのでしょうか。
教えていただきたいです。

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