バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「
新しいトピックを作る
」から書き込みをしてください。
質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。
新しいトピックを作る
|
トピック一覧
|
研究留学ネットに戻る
ひとつ前のフォーラム(readのみ)
このスレッドをはてなブックマークに追加
論文の系統樹のデータの入手方法
トピック削除
No.8306-TOPIC - 2019/10/08 (火) 14:10:11 -
ももたろう
ある論文の分子系統樹の元のデータ(塩基配列・アミノ酸配列)はどのように手に入れればよいのでしょうか。
教えていただきたいです。
-
このトピックにメッセージを投稿する
-
全
9
件 ( 1 〜 9 ) 前 | 次
1
/
1.
/
1
(無題)
削除/引用
No.8306-9 - 2019/10/10 (木) 02:34:28 - おお
マテメソ読んだのかなぁ。。。論文読み始めて間もないようならなおさら隅々まで読むことをおすすめします。
(無題)
削除/引用
No.8306-8 - 2019/10/09 (水) 16:21:14 -
ももたろう
ありがとうございます、とても勉強になります。
このようなデータベースもあるのですね。
(無題)
削除/引用
No.8306-7 - 2019/10/09 (水) 14:51:55 - 橘
SI Dataset 1はアライメント済みデータになってますよ。
NEXUS形式のデータをPDFにされてしまっているので、プログラムで読めるようにするのが面倒ですけど。
著者にPDFにする前のNEXUSファイルをリクエストすればくれると思います。
ジャーナルによっては、TreeBASE
https://www.treebase.org/
にデータと系統樹が登録されていますので、こちらから探すこともよくありますね。
(無題)
削除/引用
No.8306-6 - 2019/10/09 (水) 11:30:35 -
ももたろう
論文からのデータはこのように探すのですね。
アラインメントについて、必要と感じた際は聞いてみます。
皆様ご親切に教えてくださりありがとうございました。
(無題)
削除/引用
No.8306-5 - 2019/10/09 (水) 10:24:10 - ちき
ひょっとしてalignmentを知りたいということ? それなら著者に聞くしかないと思います。
(無題)
削除/引用
No.8306-4 - 2019/10/08 (火) 23:56:55 -
おしゃ
元論文、拝見しました
SI Table 5 と SI Dataset 1 にアクセッションナンバーやデータがありますよ
(無題)
削除/引用
No.8306-3 - 2019/10/08 (火) 15:38:01 -
ももたろう
Michael J. Moore氏が筆頭著者のUsing plastid genome-scale data to resolve enigmatic relationships among basal angiosperms
PNAS December 4, 2007 104 (49) 19363-19368;
https://doi.org/10.1073/pnas.0708072104
です
(無題)
削除/引用
No.8306-2 - 2019/10/08 (火) 14:19:11 - おお
それは論文に載ってないのですか?普通載せる(配列でなくてもAccession#とか)。載ってないなら著者に聞くといいとおもう。ちなみにその論文がなにかここで開示できますか?
論文の系統樹のデータの入手方法
削除/引用
No.8306-1 - 2019/10/08 (火) 14:10:11 -
ももたろう
ある論文の分子系統樹の元のデータ(塩基配列・アミノ酸配列)はどのように手に入れればよいのでしょうか。
教えていただきたいです。
全
9
件 ( 1 〜 9 ) 前 | 次
1
/
1.
/
1
パスワード
を入力してチェックした記事を
チェックした記事を
このトピックにメッセージを投稿する
名前
メール
アドレス非公開
タイトル
本文
設定
クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証
半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信
〔使い方〕
「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。