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タンパク質とDNAの結合で使用するDANの塩基配列 トピック削除
No.8300-TOPIC - 2019/10/07 (月) 02:11:38 - くま
今度タンパク質とDNAの結合をITCを使い測定しようと思っているのですが、使用するDNAの塩基配列で困っています。そのタンパク質はDNAと最近結合するのがわかったので、どの塩基と結合しやすのかの情報も皆無です。そのような状況ではどのような塩基配列をチョイスするのがベストなのでしょうか？
　
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(無題) 削除/引用
No.8300-2 - 2019/10/07 (月) 03:58:28 - おお
実験的に決めてください。
最も雑なやり方はその蛋白にランダムな配列のプールとかゲノムのフラグメントなどまぜてプルダウンしてそういうDNAを集めてそれを直接つかうとかできなくはないでしょう。ただアフィニテーにばらつきがでるとデーター的にはきれいじゃないかもしれません。
DNAとはいえ一本鎖なのか２本鎖なのか、RNAにつくのが生理的に意味がある可能性はないか、
ようするにそれだけでいろんな事ができてこじんまりとしたものだけど論文がかけるくらいの話しだとおもいます。

タンパク質とDNAの結合で使用するDANの塩基配列 削除/引用
No.8300-1 - 2019/10/07 (月) 02:11:38 - くま
今度タンパク質とDNAの結合をITCを使い測定しようと思っているのですが、使用するDNAの塩基配列で困っています。そのタンパク質はDNAと最近結合するのがわかったので、どの塩基と結合しやすのかの情報も皆無です。そのような状況ではどのような塩基配列をチョイスするのがベストなのでしょうか？
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