BioTechnicalフォーラム [JMPの3群間比較に関しまして、初心者です。]

JMPの3群間比較に関しまして、初心者です。

No.8288-TOPIC - 2019/10/01 (火) 20:30:04 - こ

遺伝子導入した細胞株の増殖能をMTS assayにて測定しました。細胞株は1種類で、測定は吸光度です。ノーコントロールと、遺伝子導入、ネガティブコントロールの3群で、トリプリケートで行っております。0時間、24時間、48時間、72時間のエンドポイントで測定しました。異なる日付で同じ実験を3回行った場合の多群間比較での設定の仕方がわからず時間軸として列を4つ作った時点で手が止まってしまいました。何かわかりやすいサイトなどご教示頂けないでしょうか？
　

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No.8288-9 - 2019/10/03 (木) 10:07:37 - おお

>反復分析でもいいのかもしれないけど、もし増殖率が一定とみなせる(=指数関数近似できる)なら、増殖率パラメーターの差を検定するのが一番スマートかなと。

そうですね。私も反復分析よりは違う方法を取ると思います。

単純に増殖ということならダブリングタイムを算出して比べるのもありかもしれません。ちょうどよいTime pointだけ細胞数（MTT活性）を縦軸にした棒グラフをつくりその値でT-testなどをするとかで私はたぶん済ますでしょう。

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No.8288-8 - 2019/10/03 (木) 09:10:48 - ちき

JMPとは全然離れますが、、

よく論文とかにある、それぞれの時点ごとにNSとか**とか打ってあるのは、ちょっと格好悪いなと思ってます。それぞれの時点が独立ではないので。

反復分析でもいいのかもしれないけど、もし増殖率が一定とみなせる(=指数関数近似できる)なら、増殖率パラメーターの差を検定するのが一番スマートかなと。

でもそもそもグラフを描いてみて、3SDぐらい差があったら検定なんてする必要ないと思う。それでもうるさく言ってくるreviewerもいるけど。

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No.8288-7 - 2019/10/03 (木) 04:08:46 - おお

JMPはしらんけど全体のデーターで解析するならRepeated measureの解析方法が使えなくもない。２Way Anovaとも言えると思うけど。あんまりGrowthでそういう解析はするかわからんけど。

https://stats.idre.ucla.edu/r/seminars/repeated-measures-analysis-with-r/

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No.8288-6 - 2019/10/01 (火) 23:43:02 - qq

そうなんだぁ。
JMPを使わないほうがいいんじゃない？と思いますが、持っているのでしょうから使いたいかもしれませんね。
まずは、ノーコントロールのタイムコースをグラフに書いてみてはいかがでしょうか？
そこに、遺伝子導入とネガコンのグラフを描いていって、そこに差がありそうであれば、JMPでもなんでもいいけど、意味がありそかなさそか、分析すればいいんじゃない？
「独立の三回の実験」のほうが、トリプリケートではないかな？

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No.8288-5 - 2019/10/01 (火) 23:42:24 - こ

そのとおりです。

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No.8288-4 - 2019/10/01 (火) 23:35:43 - ちき

未処理とコントロールトランスフェクションの間に許容できないような大きな差があるのでなければ、多重比較する必要はないと思います。コントロールと遺伝子導入したものを比べれば十分です。その差が知りたいんですよね？

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No.8288-3 - 2019/10/01 (火) 22:37:46 - こ

わかりづらくすいません。
何も手を加えていない細胞株のことです。