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(無題) 削除/引用 No.8259-10 - 2019/09/25 (水) 00:33:42 - おお >今回は私も同じようにメチオニンを数えずに論文を書こうかなとお見ます。 ご助言を下さりありがとうございました。 明確な理由もなく、自身での定義付けもなくそういうふうにして、Reviewerに何故かと問われたら「なんとなく」とか「もしかしたらMetがプロセッシングされているかもしれないから」とは答えられませんよね。わからないなら遺伝子上のコドンの何番目という定義にしたほうがいいのではないか。それかMetのプロセッシングはUniprotなどで確認できませんか？

(無題) 削除/引用 No.8259-9 - 2019/09/25 (水) 00:08:48 - tk mon様、ちき様、おお様 ご返信ありがとうございます。 私なりにもいろいろと調べてみましたが、結果は分からずじまいでした。 ただ、やはり皆様が書かれているようにメチオニンが除去されるため数えられていないのかなと思います。 今回は私も同じようにメチオニンを数えずに論文を書こうかなとお見ます。 ご助言を下さりありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.8259-8 - 2019/09/21 (土) 15:00:57 - おお どのように定義つけするかは色々あるだろうからプロセッシングされたあとのN末を１にするか、First Metを１にするかは、何を示そうとしているのかとかで変わるだろうと思う。 ＞ヒトや大腸菌でも番号が一つ減った数字 で気になるのはもしかしてヒトとかはミトコンドリアで作られる蛋白だったりしないかな。それならどちらでも最初のMetはプロセッシングされているんじゃないかと。 真核生物のサイトゾルにもMetをプロセスする蛋白のホモログがあるらしいので、人でも最初のMetがない蛋白が核でにコードされている遺伝子でもあるとおもいます。 よくわからないなら著者に聞いてみるといいです。 その他にもいろいろとあるかもと思ったことがあったのですが、可能性はうすそうですし、うまくまとめれないので置いときます。

(無題) 削除/引用 No.8259-7 - 2019/09/21 (土) 11:18:54 - ちき 1st Mが除かれることが実験的に判明しているのでその次のアミノ酸を1番目と数える、というのはひとつの理屈ではあるけど、一律に1st Mを1番目として、これは後で除かれるというアノテーションをつけるほうがインフォマティックス的に考えてよっぽどすっきりしていると思います。 例えばuniprotのmouseのDHFRとかはそういう書き方になっています。 https://www.uniprot.org/uniprot/P00375 このサイトでも、numberingはprocessed mature proteinではなく、primary translation productに対してするべき、と書かれています。 http://www.dmd.nl/mutnomen/recs-prot.html まあでも慣習はしかたないので、その分野の(同じタンパク質を研究している)他の研究者が混乱しないようにするべきだとも思います。

N末端アミノ酸の欠失 削除/引用 No.8259-6 - 2019/09/21 (土) 08:00:53 - mon 「N末端アミノ酸　欠失」でググると、1995年の総説が有りました。 lifesciencedb.jp/dbsearch/Literature/get_pne_cgpdf.php?year=1995&number=4004&file=7hutJWHjqSQtO7d34Yvbvw 当該のタンパクもN末端アミノ酸が解析され、成熟タンパクではメチオニンが除去されているのが判明しているのでは？

(無題) 削除/引用 No.8259-5 - 2019/09/20 (金) 14:34:05 - tk seventhさん ありがとうございます。 文字カウントで数えてみたのですが、やはり論文に記載されている数＋１となります。 記載されている論文でも数えてみると166番目なのですが、ふつうは開始のMetも数えますよね・・・？

(無題) 削除/引用 No.8259-4 - 2019/09/20 (金) 09:42:35 - seventh bioeditは0based表記じゃなかったでしたっけ？ 文字カウント機能で文字数を数えた方が良いのでは。

(無題) 削除/引用 No.8259-3 - 2019/09/20 (金) 09:06:12 - tk monさん 今回自分が見たいのは植物です。 しかし、ヒトや大腸菌でも番号が一つ減った数字となっているのですが、ご存じないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.8259-2 - 2019/09/19 (木) 21:02:10 - mon 細菌のタンパクですか？それならfMetが除去されるので、一つ番号が減ります。

タンパク質をコードするアミノ酸配列の数え方 削除/引用 No.8259-1 - 2019/09/19 (木) 20:39:39 - tk 　現在論文を書いているのですが、アミノ酸配列の数え方がわかりません。 　参考にしている論文ではLys165とあるのですが、実際にそのアミノ酸配列をBLASTからとってきてBioEditで数えてみるとLysは166番目にあります。 　論文が間違えているのかと思いきや、他の論文でも同様にLys166と書かれています。もしや最初のMetは数えないのでは？と思ったのですが、ネットや文献を探しても書かれてはいませんでした。 　正しいアミノ酸配列の数え方はどのようになっているのでしょうか？

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