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泳動したアガロースゲルの保存期限 トピック削除
No.825-TOPIC - 2012/08/10 (金) 12:51:39 - 77
プラスミドを切ってコンストラクションを作るために、アガロースゲルにDNAを泳動しました。

今、エチブロ入りのアガロースゲルの目的のバンドのところだけ切りとって、エッペンに4度で保存した状態になっています。
(Clean-Up System などでゲルの抽出はまだしていません)

この状態でどのくらい日持ちするでしょうか?

早いところ研究室に行きたいのですが、1週間くらい休まなければならなくなってしまいました。

DNAが分解してしまわないか心配です・・・
 
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(無題) 削除/引用
No.825-19 - 2012/08/13 (月) 13:01:52 - AP
市販の脱粒子用メンブレンカップを使わないtipsは、publishされているものにしろ、個人的にあるいはラボで実施されている方法にしろ数多くあると思います。たとえば、エッペンチューブの底にピンホールをあけて底に濾紙片を敷いただけでも使えます。

雑誌に寄せられたtipsにはこれらのようなものがあります。
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC308261/pdf/nar00038-0154.pdf?tool=pmcentrez

ttp://download.cell.com/trends/genetics/pdf/PII016895259490118X.pdf

ttp://download.cell.com/trends/genetics/pdf/PII0168952589900516.pdf

(無題) 削除/引用
No.825-18 - 2012/08/13 (月) 10:47:37 - Q
そもそも質問者がそのDNAを何に使うのかについて言及が無く、
終いには便乗質問で別の話になっている気がします。

質問者の問題は解決したのでしょうかねぇ・・・。

(無題) 削除/引用
No.825-17 - 2012/08/13 (月) 10:36:55 - ~
ラップで挟んで押しつぶし、出てきた液でライゲーション、
という手抜き実験法があったかと。
(回収した液を簡単に精製していたかもしれません)

(無題) 削除/引用
No.825-16 - 2012/08/12 (日) 20:21:49 - 774
ミリポアの商品は昨年購入できたんですが。
在庫だったかもしれません。

凍結したゲルをノーマルのエッペンに入れて遠心したsupも似たようなもんですけどね。

(無題) 削除/引用
No.825-15 - 2012/08/12 (日) 18:42:09 - 便乗質問
おそらくSUPREC-01 でなくても、スピンカラム方式の類似のものであれば
氷豆腐状態ゲルからDNA抽出できそうですね。

(無題) 削除/引用
No.825-14 - 2012/08/12 (日) 17:22:58 - Harmonia
先に書き込んでいただいていますように、ミリポアのそれと同等のもの
をタカラがSUPREC-01 という名称で販売していましたが、ネットで検索
するとリンク切れなので、今は、販売していないのかもしれません。
研究室にある在庫を大切に使います。

(無題) 削除/引用
No.825-13 - 2012/08/12 (日) 09:12:22 - 便乗質問
当方の便乗質問に情報をいただいた皆さん、ありがとうございます。

メーカーのプロトコルに、”アガロースゲルを凍結融解して氷豆腐をつくる”という、和風なステップが書いてあるのかなと、非常に好奇心をもったので質問をしました。

次にはなさそうですね。
http://www.sigmaaldrich.com/life-science/molecular-biology/dna-and-rna-purification/minus-etbr-spin-columns.html

ウルトラフリーDAは製造中止のようですね。
http://www.millipore.com/press/pr3/7aqamg&country=jp&lang=ja

(無題) 削除/引用
No.825-12 - 2012/08/11 (土) 23:15:59 - KEN
>>ミリポアから出てたと思います。
>>はっきりとは覚えてませんが、ウルトラ何ちゃらという名前だったような。

ただのザルでしたら、Milliporeのウルトラフリー-DAですよね。
私も使っていますが、チューブの蓋がスッカスカですぐに開きます。
エッペンと蓋のヒンジ部をキュッと曲げることで、蓋が開くのは防げますが、自前のチューブを使ったほうが安全かもしれません。

(無題) 削除/引用
No.825-11 - 2012/08/11 (土) 22:24:51 - TA
Sigmaからは
GenElute™ Gel Extraction Kit
の名前で出ています。このシリーズで、EtBrを活性炭で除くminus EtBrという名前のを、よく使っていました。

(無題) 削除/引用
No.825-10 - 2012/08/11 (土) 21:50:45 - 774
ミリポアから出てたと思います。
はっきりとは覚えてませんが、ウルトラ何ちゃらという名前だったような。

(無題) 削除/引用
No.825-9 - 2012/08/11 (土) 20:36:02 - 便乗質問
便乗質問です。

凍結したゲル片から遠心でDNA溶液を分離するマイクロなザル

の具体的なメーカーと品名を教えてください。

(無題) 削除/引用
No.825-8 - 2012/08/11 (土) 15:04:53 - Harmonia
前の方々が仰っているように、気持ち悪いなら、休み明けにやり直した
方がいいです。

それはそうとして、その後の抽出の手法にもよると思いますが、僕は
いつも凍結保存です。
コンニャクを冷凍して溶かしなおしたものを食べたことがあるでしょ
うか。あるいは高野豆腐を想像してもいいかと思いますが。
ゲルを凍結すると、スポンジ状になり、それを搾ればDNA溶液がしみ
出してきます。その原理を利用して、凍結したゲル片から遠心でDNA
溶液を分離するマイクロなザルがあります。それを使っているので。

(無題) 削除/引用
No.825-7 - 2012/08/10 (金) 17:28:09 - ぽぽぽ
よゆうでしょう。

(無題) 削除/引用
No.825-6 - 2012/08/10 (金) 16:47:42 - Q
気持ちが悪いんだったら
もう1回もどってからやりなおしたら?

大した手間ではございますまい。

(無題) 削除/引用
No.825-5 - 2012/08/10 (金) 16:01:04 - ふぁ
一週間程度なら凍結で大丈夫です。

(無題) 削除/引用
No.825-4 - 2012/08/10 (金) 14:35:38 - う
DNAが悪くなっているかもしれない、なるかもしれない。

その不安を抱きながら、実験をするのか。
そして失敗したときに、長期保存が原因じゃないか、と
すぐ思いつく可能性を残したまま実験するのか。

その不安を痛きながら実験するよりも、もう1回初めからしてほうが気持ちいい。

あなた次第です。

誰も、こうしていれば大丈夫と断言できないです。
だれも、DNAに不都合が出るとも断言できないです。

(無題) 削除/引用
No.825-3 - 2012/08/10 (金) 13:56:02 - ~
EDTAの活躍に期待して2年位?

事情を説明して切り出し→凍結保存を頼める関係を築けている同期・先輩・教員等はいないのでしょうか?
そこまで頼めるような関係でなければ、冷凍庫に移してもらうのもいいかもしれません。

また、使用目的によっては、末端の削れや途中での切断が起きているDNA断片が混入しても目的が達成できる場合もありますね。

(無題) 削除/引用
No.825-2 - 2012/08/10 (金) 13:51:37 - AP
私ならフリーザーで凍結保存する。
あるいはchaotropic reagentとしてguanidineを使用しているようなゲル抽出キットであれば、それを加えたところで、室温または冷蔵保存か。

泳動したアガロースゲルの保存期限 削除/引用
No.825-1 - 2012/08/10 (金) 12:51:39 - 77
プラスミドを切ってコンストラクションを作るために、アガロースゲルにDNAを泳動しました。

今、エチブロ入りのアガロースゲルの目的のバンドのところだけ切りとって、エッペンに4度で保存した状態になっています。
(Clean-Up System などでゲルの抽出はまだしていません)

この状態でどのくらい日持ちするでしょうか?

早いところ研究室に行きたいのですが、1週間くらい休まなければならなくなってしまいました。

DNAが分解してしまわないか心配です・・・

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