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プライマーの設計について
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No.8224-TOPIC - 2019/09/05 (木) 15:15:41 -
学生君3号
BLASTを用いてプライマーを設計しているものです。
プライマー設計時に、CDSの一番最初からフォワードプライマー、最後にリバースプライマーがくるように設定したいのですが、うまくいきません。
プライマーの位置を決めるような場所があり、そこに希望の番号を入力しても全然違う場所にプライマーができてしまいます。
CDS部分をプライマーで頭から最後まではさめるやり方、御存知でしたら是非教えてくださいm(_ _)m。
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No.8224-8 - 2019/09/06 (金) 09:12:05 - T
先輩からApEの使い方を習えばよいですよ。
(無題)
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No.8224-7 - 2019/09/05 (木) 16:15:56 -
学生君3号
リバースを相補鎖にするのを失念していました。
教えてくださった皆様。ありがとうございますm(_ _)m
(無題)
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No.8224-6 - 2019/09/05 (木) 15:59:50 - おお
CDSの一番最初からの塩基配列をコピーしたらいいだけの話。リバースはストップコドンから内側に。ただし相補鎖の配列になるし3’と5’の方向もちゃんと意識しないといけない。
(無題)
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No.8224-5 - 2019/09/05 (木) 15:58:28 - ちき
何らかのソフトウェアを使わないとPCRのプライマーは設計できないものだ(自分で勝手に決めてはいけないものだ)と思い込んでいる初学者は割と多いみたいで、いつも不思議に思っています。
(無題)
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No.8224-4 - 2019/09/05 (木) 15:44:14 -
TS
なので、例えばATGから25bpくらい選んだものがフォーワードプライマー、
ストップコドンから前向きに25bpくらい選んで、Reverse-complementにしたのがリバースプライマーになりますよね。
なんでBlast使いたいんですか?
他に、スティッキーエンドを付けたり、フレームを合わせる必要があったりするのは、手作業でやるのが普通と思います。
さすがに周りの先輩や先生に聞いたほうが良いですよ。
(無題)
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No.8224-3 - 2019/09/05 (木) 15:35:49 -
学生君3号
大腸菌に導入してタンパク質を増やしたいので、
インサートをつくるためにPCRをしたいと考えています。
(無題)
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No.8224-2 - 2019/09/05 (木) 15:30:59 -
TS
場所が決まっているなら、Blastで設計する必要あります?
プライマーの設計について
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No.8224-1 - 2019/09/05 (木) 15:15:41 -
学生君3号
BLASTを用いてプライマーを設計しているものです。
プライマー設計時に、CDSの一番最初からフォワードプライマー、最後にリバースプライマーがくるように設定したいのですが、うまくいきません。
プライマーの位置を決めるような場所があり、そこに希望の番号を入力しても全然違う場所にプライマーができてしまいます。
CDS部分をプライマーで頭から最後まではさめるやり方、御存知でしたら是非教えてくださいm(_ _)m。
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