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(無題) 削除/引用 No.8198-3 - 2019/08/28 (水) 11:30:43 - ちき https://chip-atlas.org

(無題) 削除/引用 No.8198-2 - 2019/08/28 (水) 02:03:41 - おお https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1001034 昔の知識ですが、p３００という蛋白があってTranscriptional factorとPol IIを含む複合体を作ることがわかっていて、のちにp３００にヒストンアセチレース活性があることが発見されました。またヒストンのアセチル化によりDNAとヒストンの相互作用が弱まることによりPol IIがアクセスしやすいと考えられているようです。そのことから転写開始位置あたりは一つの候補として考えられるのではないでしょうか。 メチル化に関してはCpG Islandによく起こることが知られていました。CGリッチなところが候補だと思います。 いずれにしろよく使われるモデル生物では網羅的解析もいろいろ報告があるだろうし調べてみるといいかもしれません。探せばWEBでかんたんに見れるデーターベースもあるかもしれません。 転写に関するレビューなども一度お読みください。

クロマチン免疫沈降でのプライマー設計について 削除/引用 No.8198-1 - 2019/08/28 (水) 00:34:27 - こすず 初心者なので教えてください。 あるリガンドを処置してstemnessを評価していて、リガンドAは促進、リガンドBは抑制するというデータを出しました。リガンドA,Bは非常に似たファミリーに属しているため、促進、抑制がクロマチンの修飾を介していれば面白いなと思い、ChIP-qPCRであるプロモーターのヒストンのメチル化、アセチル化をみようと考えています。 その際、メチル化やアセチル化が起こる場所はどのようにして調べれば良いのでしょうか？実際にみなさんどうやってプライマー設計しているのか教えていただけると幸いです。

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