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(無題) 削除/引用 No.8191-5 - 2019/08/30 (金) 09:54:25 - asan 結論からいうと、研究目的次第です。 一般的には、あなたの研究目的から着目してる現象をより論理的に説明するフィルタリングをかけてその結果どうなったという記述がもっとも重要であり、それを説明できるならできるだけ厳しいフィルタリングから入るのが正解だと思います。 厳しいフィルタリングをしたことによって期待する結果が出なかった場合にちょっと条件を緩めてみたり、考え方を柔軟にとってみるしかないということです。

(無題) 削除/引用 No.8191-4 - 2019/08/27 (火) 00:03:02 - おお 加えておくと行き過ぎの活性化を防ぐためにネガティブフィードバックもかかっているかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.8191-3 - 2019/08/25 (日) 17:21:33 - せんたくさん 大変納得いたしました ありがとうございます！ ネガティブレギュレーターとなる遺伝子も含まれていました

(無題) 削除/引用 No.8191-2 - 2019/08/25 (日) 12:04:44 - おお Aが下流のBを抑制し、Bが下流のCを抑制するから、結局AはCを活性化するようなシグナルはまあまあ見られると思うのですが。 そうするとBの発現が上がるとシグナルはシャットダウンされることになる。 またシグナルに関与するネガティブレギュレーターもそのPathwayの遺伝子群に含まれているのでは？

パスウェイ解析の際のフィルターのかけ方 削除/引用 No.8191-1 - 2019/08/25 (日) 11:48:10 - せんたくさん こんにちは、いつも大変お世話になっております。 単球細胞でDNCB曝露を行い、この曝露により起きている機能変化（とくに免疫応答に関する機能）について調べるためにパスウェイ解析をしています。 遺伝子解析により、p-value<0.001でフィルターをかけ、コントロールと曝露時を比較して発現が増減した遺伝子１５００ほどが上がりました。ここからwikipathwayでパスウェイ解析をしています。 ＜質問＞ 、このパスウェイ解析をする前に、fold changeで発現量が増加した遺伝子だけに絞るべきでしょうか。 曝露により落ちる遺伝子は、単に細胞毒性が原因であることが考えられるので、上がってくる遺伝子のみに焦点を当てて調べた方が、より免疫応答に関与するパスウェイが出てきたりするでしょうか。。。 fold changeでフィルターかけた場合、かけない場合ですべてやってみれば良いのは分かっているのですが、条件数が多いため、効率よく進める方法を教えていただければと思い、質問させていただきました。

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