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RNA結合タンパクのウェスタンのドット トピック削除
No.8163-TOPIC - 2019/08/15 (木) 10:53:49 - S.S.
あるRNAスプライシングにかかわるタンパク質XのWBをしています。培養細胞からRIPAでタンパク質を抽出して、SDS-PAGEをした上でWBにかけています。コントロールのGAPDHはきれいにバンドが出ていますので、WBの基本的な手技には問題がないと思っています。
しかし、タンパク質Xについては、バンドがきれいなバンドにならず、黒いドットが集簇したようなものになってしまいます。バンドの高さには問題ありません。これまでに抗体の変更や、ボイルの時間の延長、タンパク回収時に針を通すなどの工夫を行いましたが、改善しません。
タンパクXはスプライセオソームの一部で、巨大なコンプレックスを作っていますので、実際に細胞内で巨大な塊になっているのだと思います。発現量を見るためにWBのバンドをきれいに出したいのですが、どのようにすれば良いかご意見頂ければ幸いです。
 
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おお様 削除/引用
No.8163-3 - 2019/08/15 (木) 13:11:25 - S.S.
アドバイスありがとうございます。

タンパクは14kDaと非常に小さなタンパクです。ゲル濃度は12%を使用しています。メンブレンはPVDFを使用しておりますので、変えてみてみたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.8163-2 - 2019/08/15 (木) 11:22:02 - おお
おそらく検出感度が一つの要因かと思います。検出できる閾値を越えた部分だけがシグナルとして検出されていて、ほとんどの部分が検出の閾値すれすれだとそういうことは起こると思えるからです。

検出感度を上げるには色々な工夫がありますが、上げたらきりがないです。

ちなみにそのタンパクはどれくらいの大きさで(100kDa前後とかそれ以上とか)、ゲルの濃度はどれくらいでしょうか。もしかしたらタンパクが密になっててうまく膜に乗り切れてないかもしれませんし。

膜をNCからPVDF(または逆)に変えてみてもいいかもしれません。ポアさいずも0.2umと少し詰まったものにするのも手です。

RNA結合タンパクのウェスタンのドット 削除/引用
No.8163-1 - 2019/08/15 (木) 10:53:49 - S.S.
あるRNAスプライシングにかかわるタンパク質XのWBをしています。培養細胞からRIPAでタンパク質を抽出して、SDS-PAGEをした上でWBにかけています。コントロールのGAPDHはきれいにバンドが出ていますので、WBの基本的な手技には問題がないと思っています。
しかし、タンパク質Xについては、バンドがきれいなバンドにならず、黒いドットが集簇したようなものになってしまいます。バンドの高さには問題ありません。これまでに抗体の変更や、ボイルの時間の延長、タンパク回収時に針を通すなどの工夫を行いましたが、改善しません。
タンパクXはスプライセオソームの一部で、巨大なコンプレックスを作っていますので、実際に細胞内で巨大な塊になっているのだと思います。発現量を見るためにWBのバンドをきれいに出したいのですが、どのようにすれば良いかご意見頂ければ幸いです。

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