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ゲノムDNAのPCI抽出産物について トピック削除
No.8134-TOPIC - 2019/08/06 (火) 15:50:00 - こむぎ
組織からDNAを取り出し実験に使用したいと考えています。

エタノール沈殿後の産物が白(ほぼ透明)の糸を引くようなどろどろした液であり、以前行った時のような白い糸状のDNAではありませんでした。
これはDNAではなく、タンパク質なのでしょうか?
PCI抽出の際にタンパク質を吸ってしまった結果なのでしょうか。
それとも、DNAが多すぎる結果なのでしょうか。

方法は、凍結保存されたブタ組織片を粉砕し、PCI抽出、エタノー沈殿を行いました。
組織粉末にLysisバッファーを加え、proteinaseKを加えてインキュベートした後PCIを加えて水相と分け、
水相にエタノールを加えてDNAを沈殿させる方法を用いました。
分けた時の水相は非常にドロドロしたものでした。

以前別の組織片を用いて同じ手順で抽出した際は水相はどろどろではなく、沈殿も白い糸状のものだったため、結果が異なりどうしたら良いかわかりません。
ご回答やアドバイスをいただけたら幸いです。よろしくお願いします。
 
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No.8134-4 - 2019/08/07 (水) 11:26:32 - mon
ちなみに、ゲノムDNA溶液は糸をひく粘調な溶液です(濃度にもよりますが)。
サラサラの場合、ピペッティング等で剪断され20kb程度(以下)になっていることが多いです。サザンブロット解析等でバックが汚くなる(スメアー調になる)原因です。
なお、記憶が曖昧で申し訳ないですが、溶解するときにSDSを使うとTOPO IIがゲノムDNAに結合している部位で切断されヒトゲノムDNAの場合100~300kb(だったかな?)になるため、IntactなゲノムDNAを有する(パルスフィールド電気泳動用)ゲルブロックを作製する場合Sarcosylを使ったと思います。

(無題) 削除/引用
No.8134-3 - 2019/08/07 (水) 00:45:33 - ちき
ライセートの粘性が非常に高く、エタノール添加後の混和が不十分な場合にそうなったことがあります。同じ状況でしたら、もう一度エタノールを加え、均一になるまで穏やかに転倒混和を繰り返せば糸状の沈殿が得られると思います。

どうしてもうまく行かなければ、ライセートをTE等で希釈してください。

(無題) 削除/引用
No.8134-2 - 2019/08/06 (火) 22:54:01 - おお
エタノールを加えてた後、遠心してDNAを回収できるならそのまま進めばいいです。回収できそうにないなら、塩を加えてください。NaClをさらに数十mMとか。たぶんDNAの量に対して塩が足らないのでしょう。

ゲノムDNAのPCI抽出産物について 削除/引用
No.8134-1 - 2019/08/06 (火) 15:50:00 - こむぎ
組織からDNAを取り出し実験に使用したいと考えています。

エタノール沈殿後の産物が白(ほぼ透明)の糸を引くようなどろどろした液であり、以前行った時のような白い糸状のDNAではありませんでした。
これはDNAではなく、タンパク質なのでしょうか?
PCI抽出の際にタンパク質を吸ってしまった結果なのでしょうか。
それとも、DNAが多すぎる結果なのでしょうか。

方法は、凍結保存されたブタ組織片を粉砕し、PCI抽出、エタノー沈殿を行いました。
組織粉末にLysisバッファーを加え、proteinaseKを加えてインキュベートした後PCIを加えて水相と分け、
水相にエタノールを加えてDNAを沈殿させる方法を用いました。
分けた時の水相は非常にドロドロしたものでした。

以前別の組織片を用いて同じ手順で抽出した際は水相はどろどろではなく、沈殿も白い糸状のものだったため、結果が異なりどうしたら良いかわかりません。
ご回答やアドバイスをいただけたら幸いです。よろしくお願いします。

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