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(無題) 削除/引用 No.8125-5 - 2019/08/01 (木) 13:36:30 - Dohn Joe 偽陽性や偽陰性がデータに数多く含まれるので、個別の遺伝子にあまり強く拘らずGSEAやpathway解析に進むのが宜しいように思われます。

(無題) 削除/引用 No.8125-4 - 2019/08/01 (木) 11:42:57 - asan 最近はGSEAやpathway解析enrichment解析程度なら初心者だろうがなんだろうが、そこそこの研究者ならネットや文献で調べたり、知人や仲の良いラボに教えてもらったりしてやってしまうことがおおいとおもいます。 ただ、あまりにも大変で自分でにっちもさっちもいかないというならば、共同研究ベースでデータ解析をしてもらううとか、同じ研究所や大学の身近なラボに手伝ってもらうとかそのラボでは標準的な解析の仕方を押してもらって共著に入れるとか色々なやり方があると思います。 にっちもさっちもいかないならその辺の環境作りも含めてあなたがボスに提案するのが研究者の仕事だと思いますよ。頑張ってください。

(無題) 削除/引用 No.8125-3 - 2019/08/01 (木) 01:13:28 - おお >すべての遺伝子の機能について一つ一つ調べていくしか方法はないのでしょうか。 前にそれ以外の方法論を書いたのですが、一つずつ当たるというのもやっておいたほうがいいのはいいです。そうすることによってあなたの知識の蓄積にもなりますし。最近は網羅的解析が増えて来てますのでもそれぞれの遺伝子がどんな役割でどんな機能を持っているのか想像できないとデーターを読むという点で不自由です。

(無題) 削除/引用 No.8125-2 - 2019/08/01 (木) 00:07:31 - おお GO termやPathwayのカテゴリーでどんな遺伝子群がEnrichmentしているかで解析するのも手です。 また細胞の基本的な機能といいますが、そういうタンパクにそれ以外の機能があったり、見ている現象を理解するのに重要であったりもするので、色々な視点で考えてみる事も重要かもしれません。

マイクロアレイ解析のそれから 削除/引用 No.8125-1 - 2019/07/31 (水) 20:15:40 - もも お世話になっております。 今回、初めて単球系細胞からRNA抽出をして、マイクロアレイ解析を行いました。サーモフィッシャーにアレイをお願いし、CELファイルを受け取り、TACというフリーソフトでデータの解析を進めているところです。 いくつかの条件間で発現増加している遺伝子の中から、観察したいと考えている反応の指標として使える遺伝子候補について、いくつか目星をつけたいと考えています。 しかし、fold changeやp-valueの値を変えて絞っても、数がとても多く、一つずつ機能を調べる日々なのですが、変化が大きいものは細胞の基本的な働きの遺伝子であるものが多く、見たい反応にいまいち関与しているとは考えにくいです。 この場合、すべての遺伝子の機能について一つ一つ調べていくしか方法はないのでしょうか。 初心者で研究室でも前例がないので、ぜひアドバイスいただければ幸いです。よろしくお願いいたします。

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