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10xTBEの作製、EDTAを粉末で トピック削除
No.8119-TOPIC - 2019/07/30 (火) 06:05:33 - TBE
基本的過ぎてやや恥ずかしい質問なんですが、10xTBEを自作しようと思い検索してみたところ、全く異なるレシピが複数発見されました。

(トピックNo.1の投稿ではURLが載せられないため、中途半端な形ですが…)

「openwetware TBE」で検索したら1発目にヒットするページでは、

10x TBE (1 liter): 9.3 g Na2EDTA

となっていますが、

tbeバッファー [BioWiki] というタイトルの、この文字列で検索したら当然1発目にヒットするページでは、

EDTA・2Na (2H2O) 3.7 g

となっています。

前者には液体のEDTAを加えるやり方(むしろそっちが主流だと思いますが、今ちょっとpH調整済みの液体を切らしているので、粉末レシピを参考にしてみたかった次第です)も併記されており、それを計算するとEDTA終濃度は20 mM、一方後者の方はご丁寧にも「濃度20 mM」と明記されているのに、どちらのやり方も指定されたEDTA粉末を加えて20 mMにならなくない?と釈然としません。
(ちなみに後者は終濃度10 mMになるので、単にミスなのかなという気もするのですが)

ひょっとすると何か私が見落としており、実は上記のどちらかは正しいのか、あるいは両ページともミスで、7.4 gを加えるのが正しいのか、どちらに従うべきでしょう…?

正直どちらでも大差なく多分どっちでも何の問題もないとは思うのですが、識者の方の意見を賜りたく、しょうもない質問をさせていただきました。

ご助力いただけると幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.8119-3 - 2019/07/30 (火) 07:09:16 - TBE
おおさん、素早いレスありがとうございます。

やはり7.4 gが一番筋が通っているというか、スタンダードな感じがしますね。レシピのソースもいただけましたし、これで行こうと思います。

どうもありがとうございました!

(無題) 削除/引用
No.8119-2 - 2019/07/30 (火) 07:00:01 - おお
http://cshprotocols.cshlp.org/content/2006/1/pdb.rec8458.full

http://cshprotocols.cshlp.org/content/2010/6/pdb.rec12231.full

両者の間で微妙にTRISなど濃度が違ってますが(0.5xで濃度が45mMか50mMくらいの違い)、EDTAは0.5xで濃度が1mMになるように作るので、お示しのグラムでの表示はおかしいと思います。

もしかしたら1xで使うことを念頭にその時のEDTA濃度が1mMになるように作るプロトコールがあるかもしれません。EDTAは大抵のDNAなどの電気泳動ではそれくらい入っていればいい程度なので1xでEDTA濃度が1mMになるレシピで作ったものを0.5xで使っても困ることはないと思います(よほど特殊な分析をしようとしない限り)。

10xTBEの作製、EDTAを粉末で 削除/引用
No.8119-1 - 2019/07/30 (火) 06:05:33 - TBE
基本的過ぎてやや恥ずかしい質問なんですが、10xTBEを自作しようと思い検索してみたところ、全く異なるレシピが複数発見されました。

(トピックNo.1の投稿ではURLが載せられないため、中途半端な形ですが…)

「openwetware TBE」で検索したら1発目にヒットするページでは、

10x TBE (1 liter): 9.3 g Na2EDTA

となっていますが、

tbeバッファー [BioWiki] というタイトルの、この文字列で検索したら当然1発目にヒットするページでは、

EDTA・2Na (2H2O) 3.7 g

となっています。

前者には液体のEDTAを加えるやり方(むしろそっちが主流だと思いますが、今ちょっとpH調整済みの液体を切らしているので、粉末レシピを参考にしてみたかった次第です)も併記されており、それを計算するとEDTA終濃度は20 mM、一方後者の方はご丁寧にも「濃度20 mM」と明記されているのに、どちらのやり方も指定されたEDTA粉末を加えて20 mMにならなくない?と釈然としません。
(ちなみに後者は終濃度10 mMになるので、単にミスなのかなという気もするのですが)

ひょっとすると何か私が見落としており、実は上記のどちらかは正しいのか、あるいは両ページともミスで、7.4 gを加えるのが正しいのか、どちらに従うべきでしょう…?

正直どちらでも大差なく多分どっちでも何の問題もないとは思うのですが、識者の方の意見を賜りたく、しょうもない質問をさせていただきました。

ご助力いただけると幸いです。

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