全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.8114-4 - 2019/07/29 (月) 19:35:00 - ちき replicatesのないデータでvolcano plotをつくることは原理的に不可能ですし、個々の論文でどうかはその論文やGEOなどに登録されているデータをご自分で確認されれば自ずと明らかになるでしょう。通常は、biological replicatesを(少なくとも)3ぐらいにとっていると思います。

ちき樣 削除/引用 No.8114-3 - 2019/07/29 (月) 17:47:57 - jo ありがとうございます。 私もそのような気がしているのですが、マイクロアレイなどは繰り返しデータを取得するのが難しいと思われます。論文などで記載されているvolcano plotは複数回のデータをとってのものなのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.8114-2 - 2019/07/29 (月) 09:36:07 - ちき 御自身でもおっしゃっているように、アッセイ1回のみのデータではターゲット毎のt統計量/p値は計算されず、volcano plotが出力されないのは当然と思いますが。

volcano plotに関しまして 削除/引用 No.8114-1 - 2019/07/28 (日) 09:23:44 - jo ある2つのサンプルでリン酸化たんぱく質の発現強度をマイクロアレイで検出し、得られたシグナルをlog2変換して比較しております。 volcano plotをperseusというソフトで描こうとしておりますがt検定を行なっても、p値が得られず困っています。 volcano plotでは全ての比較対象にそれぞれp値が得られると思われますが、t検定を行なって全ての比較対象になぜ独立したp値が得られるのでしょうか？ 入力データはサンプルAとBとして、それぞれ170程度のリン酸化領域のシグナルで、アッセイ1回のみのデータです。よろしくお願いいたします。

全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---