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FBSの凍結温度 トピック削除
No.811-TOPIC - 2012/08/03 (金) 14:12:24 - ゆき
現在、FBS入りの培地を使って遺伝子の発現をみる実験をしています。

-20℃の冷凍庫に非働化前のFBSを保管していたのですが、-20℃冷凍庫に入れる場所が無くなり、
一時的に-80℃の冷凍庫に移しました。
後に先輩から、-80℃にFBSを入れると血清タンパクが変性するかもしれないということをメーカーの人から聞いた事がある、といわれ、実験に使用するか迷っています。

また、ちょうどストックしていたFBS (-80℃冷凍したものと同じlot) が無くなり、新しいFBSを購入したのですが、新しいFBSを使う事により遺伝子の発現に変化がないか心配です。

-80℃にいれたFBSとそれまで実験に使用していたFBSとは異なるFBSは、それぞれ遺伝子発現に影響はでるでしょうか?

遺伝子発現はarrayを使って行っていて、みる遺伝子が多くあり、さらに自分の研究室ではPCRを行える環境が整っていないため、何個かの遺伝子を比較しての確認が出来ない状況です。

どうぞご教授くださいますようよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.811-14 - 2017/04/03 (月) 20:34:47 - 1q2w3e4r5t678
仮に−80Cで何かが失活するとしても、今でも56Cで非動化したものを使用するところも結構もあるわけで、どちらが多くの因子に失活を招く可能性があるかと考えたら、たぶんこれは後者とおもうので、あまり心配しなくていいとおもう。(FBSの中の補体の細胞傷害性は実際は昔考えられていたほどのものではないし、immunoglobulinほとんどないし、一方で加熱による重要なファクターの失活が無視できないとして非働化処理は不要というか、むしろしないほうがよいという立場もある)-20Cと-80cで結果に影響がないとは断言できないけど(あまりそういうことはない気ようながするけど)、仮にFBSが原因で何か問題が生じたならば、まずはロット差とか、FBS入り培地の作成してからの期間とかの方がより大きいと思う。

JEAnCSEnTjUOtXlJ 削除/引用
No.811-13 - 2017/04/02 (日) 06:17:50 - Barnypok
zPCGLF http://www.LnAJ7K8QSpkiStk3sLL0hQP6MO2wQ8gO.com

(無題) 削除/引用
No.811-11 - 2012/08/05 (日) 05:35:48 - (゜Д゜
保存温度のことは、容器の耐久性の問題じゃね。血清のボトルって凍るとなんか体積増えてちょっとふくらやつあるでしょ。血清じゃないけど、プラスチック容器に一杯まで液いれて-80Cに入れてたら、いつの間にかヒビは入ってる事があって、溶かしたら液漏れてきた。

(無題) 削除/引用
No.811-10 - 2012/08/04 (土) 22:24:20 - Q
当初の質問の答えは、出尽くしているでしょうからいいでしょ。
他のことはきちんと指導者に指導されてください。

(無題) 削除/引用
No.811-9 - 2012/08/04 (土) 11:50:03 - himawari
どういう培養系(実験系)か知りませんが、arrayをするとき細胞周期を同調させたりFBS freeにしたりしないのですか?

FBSを添加したまま実験するのですか?

(無題) 削除/引用
No.811-8 - 2012/08/04 (土) 02:40:59 - 支離滅裂
>FBSによってcontrolは影響なくとも、control以外の遺伝子に影響が出ないともいえないのかもしれないと思っていました。また、arrayにも限りがあるのでできるだけ同条件で試しでは使いたくないというのがホントのところです。。

それを言ったら、何をもって発現が高い低いと言えるのでしょう。
日頃の実験操作が完全に同じであると誰も言えない中で(例えば細胞は生き物なので、状態を完全に同じには誰もできない)、それによってcontrolは影響なくとも、control以外の遺伝子に影響が出ないともいえないのかもしれない。

(無題) 削除/引用
No.811-7 - 2012/08/04 (土) 01:46:45 - ab
タンパク質は-80度の方が安定だと思って、今まで血清も-80度で保存して使用してますが、今のところ特に問題はないです。
軽く調べてみたところ、-80度で保存するとプラスチックボトルがもろくなるから保存しないように、という注意書きを書いてあるメーカーがいくつかありました(Sigmaなど)。
逆に、ATCCは-70度での保存を推奨しています。
タンパク質が変性するから、という情報はみつけられませんでした。

おそらく、-80度で保存してはいけないというのは、FBSの品質の変化というよりも、昔のボトルの品質があまりよくなかったからではないかと思います。

いずれにしても、血清のロットが変われば皆様ご指摘のように結果が変わってくる可能性が高いと思いますが、保存温度のせいではないと思います(容器が損傷していなければ)。

(無題) 削除/引用
No.811-6 - 2012/08/03 (金) 19:01:57 - しろ
確かに、FBSは−80℃に置いたらだめで−20℃で保存しないといけないというのは、昔から一般にいわれていて、培養の古典的な教科書にも書いてあります。超低温冷蔵庫が貴重だった時代、使わせたくない誰かが言い出した都市伝説なのか、それとも意外な根拠があるのか、誰か、きちんと調べてくれないかなと思いつつ、-20℃に置いてます。-80℃の方が変性しやすいなんてあるわけ無いだろうとは思いつつも無いとは言えず。

(無題) 削除/引用
No.811-4 - 2012/08/03 (金) 15:55:31 - 支離滅裂
arrayを行なう場合、この遺伝子は発現が変わらないはずというものがあって
毎回の実験の誤差(血清とか同じでも日頃の実験の誤差はあるでしょ?)を
見るのではないでしょうか?

ロット差とか保存状態とか言う前に、日頃の実験が全く同じ条件で
コントロールされていることは難しいでしょうし、
コントロールできるというのであれば、どうしてそう言えるのか
根拠となるものがあるでしょうから。

その根拠(指標)を各々の血清でも見ればいいのでは?
理解できるでしょうか?

>遺伝子発現はarrayを使って行っていて、みる遺伝子が多くあり、さらに自分の研究室ではPCRを行える環境が整っていないため、何個かの遺伝子を比較しての確認が出来ない状況です。

そもそも、こういう状況でarrayをやっているって、どうなのでしょう・・・。

(無題) 削除/引用
No.811-3 - 2012/08/03 (金) 15:21:43 - ~
問題の-20℃の冷凍庫には自動霜取り機能はついていますでしょうか。

ついている場合、保存中に凍結融解が起きているかもしれません。
その場合は、タンパク質の編成が起きるかもしれません。

>新しいFBSを使う事により遺伝子の発現に変化がないか心配です
変化することを前提にした方がいいでしょう。
培養条件や薬剤濃度の最適条件が変わるかもしれませんし、遺伝子発現が変わるかもしれません。
そのため、異なる血清で培養した細胞間の遺伝子発現比較はすべきではないでしょう。
(変化させるパラメーターが血清のみで、血清の違いのデータを出したいというのであれば話は別ですが)

(無題) 削除/引用
No.811-2 - 2012/08/03 (金) 14:34:17 - mon
逆ではないかな。-80℃の方が安定でしょう。5年ほど-80℃で保存していたFBSを問題無く使っています。再凍結・融解は沈殿(濁り)が生じることがありますが、通常の継代培養には影響は少ないと思います。少なくとも増殖速度の低下は経験したことがありません。
予期せぬことが生じるかもしれませんので、一連の実験では同じロットの血清を使いましょう。
ロットが異なれば増殖速度など変化するのが普通ですので(なので、ロット選びには慎重になります)。

FBSの凍結温度 削除/引用
No.811-1 - 2012/08/03 (金) 14:12:24 - ゆき
現在、FBS入りの培地を使って遺伝子の発現をみる実験をしています。

-20℃の冷凍庫に非働化前のFBSを保管していたのですが、-20℃冷凍庫に入れる場所が無くなり、
一時的に-80℃の冷凍庫に移しました。
後に先輩から、-80℃にFBSを入れると血清タンパクが変性するかもしれないということをメーカーの人から聞いた事がある、といわれ、実験に使用するか迷っています。

また、ちょうどストックしていたFBS (-80℃冷凍したものと同じlot) が無くなり、新しいFBSを購入したのですが、新しいFBSを使う事により遺伝子の発現に変化がないか心配です。

-80℃にいれたFBSとそれまで実験に使用していたFBSとは異なるFBSは、それぞれ遺伝子発現に影響はでるでしょうか?

遺伝子発現はarrayを使って行っていて、みる遺伝子が多くあり、さらに自分の研究室ではPCRを行える環境が整っていないため、何個かの遺伝子を比較しての確認が出来ない状況です。

どうぞご教授くださいますようよろしくお願いします。

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