Bio Technical フォーラム

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RNA-seqにおけるポリA配列の除去の必要性 トピック削除
No.8101-TOPIC - 2019/07/23 (火) 21:06:22 - 徒弟
いつもお世話になっております。

RNA-seqの処理でまたお知恵をお貸しいただきたく投稿させて頂きました。
RNA-seqのpaire-endのデータを処理しているところです

マッピング前の処理として、低クオリティの塩基の除去やアダプター除去にはTrimmomaticを使ってます
ただ、TrimmomaticにはpolyA tailの除去機能はないため実施しておりません。

そこでご相談なのですが、
マッピング前の処理としてpoly A tailの除去は必要でしょうか?

Trimmomaticにないということは実施しなくて良いのかなとも思ってます。
ご意見いただければ幸いです。
 
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RNA-seqにおけるポリA配列の除去の必要性 削除/引用
No.8101-1 - 2019/07/23 (火) 21:06:22 - 徒弟
いつもお世話になっております。

RNA-seqの処理でまたお知恵をお貸しいただきたく投稿させて頂きました。
RNA-seqのpaire-endのデータを処理しているところです

マッピング前の処理として、低クオリティの塩基の除去やアダプター除去にはTrimmomaticを使ってます
ただ、TrimmomaticにはpolyA tailの除去機能はないため実施しておりません。

そこでご相談なのですが、
マッピング前の処理としてpoly A tailの除去は必要でしょうか?

Trimmomaticにないということは実施しなくて良いのかなとも思ってます。
ご意見いただければ幸いです。

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