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(無題) 削除/引用 No.8096-5 - 2019/07/27 (土) 15:54:09 - イントロン 成程〜！何から何までご親切に恐縮の限りです。 バイオインフォマティクスの知識はからきしですが、その程度なら十分いけそうです。 本当に助かりました。心よりお礼申し上げても上げたりないぐらいです。ありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.8096-4 - 2019/07/27 (土) 12:36:05 - ちき ひとつめのリンクがbed形式でイントロンの座標を出力する方法、ふたつめがその座標を使って配列を抜き出す方法です。ふたつめについては以下に詳細があります。 https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/getfasta.html bedtoolsのインストールと使用には何らかのunixのCUI環境(OSXのterminalとかWindowsならcygwin?)が必要ですのでお調べください。もちろん、レファレンスゲノムのファイルも必要です(バージョン違いに注意)。

(無題) 削除/引用 No.8096-3 - 2019/07/27 (土) 06:46:05 - イントロン ちきさん 有用な情報ありがとうございます。 やり方に勘違いがあるのかもしれませんが、リンク前者で示されているやり方の出力データには染色体番地のみで配列が含まれていなかったため、その点若干残念ですが、これを取っ掛かりにもうちょっと調査してみようと思います。 大変助かりました、重ねてお礼申し上げます。

(無題) 削除/引用 No.8096-2 - 2019/07/26 (金) 19:23:25 - ちき 一覧を取得するだけなら、UCSCのTable Browserとbedtoolsのgetfastaコマンドでできそうですが。 https://www.biostars.org/p/13290/ https://www.biostars.org/p/108848/ 出力がレファレンスゲノムの何倍にもなったので、かなり重複があるのだと思います (バリアント毎に出力されているためと考えられる。)

イントロン配列のデータベース 削除/引用 No.8096-1 - 2019/07/22 (月) 22:16:55 - イントロン 自分のやっている事の本流から外れる話のため詳しい方のご助力をいただけるとありがたいのですが、humanの全遺伝子から、イントロンの配列を一覧で取得できるデータベースはありますでしょうか？ 酵母ですとSGDを筆頭に各種詳細なデータベースが公開されていたのですが、ヒトの方は上手くまとめられたものが見つけられない状況です。 よろしくお願いいたします。

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