Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

実験で用いる統計解析のほとんどはTテストでいいのでしょうか? トピック削除
No.8080-TOPIC - 2019/07/17 (水) 04:21:11 - 実験初心者
現在マウスの造血幹細胞の%をWTとノックアウトマウスで調べています。

同腹(3ヶ月齢)のWTとKOが2匹ずつ得られたので、解析したところ顕著な差を認めました。

再現性を見るためマウスコロニーを調べたところ、同腹(9ヶ月齢)のWTとKOの1ペア、同腹(10ヶ月齢)のWTとKOの1ペアがあったので、合わせてWT2匹、KO2匹で解析して同様に顕著な差を認めました。

3回再現性を見たいため、同腹(5ヶ月齢)のKO2匹と、同腹の(6ヶ月齢)のWT匹があったので、合わせてWT2匹、KO2匹で解析して同様に顕著な差を認めました。

全てのデータセットを合わせると、WT6匹、KO6匹です。
造血幹細胞の%はKOで顕著に増えていました。WTは安定して変わらずです。

私の役目はラボに入ったばかりでリバイス実験するように言われた立場なので、週齢を合わせたりすることは時間の制約上できません。今あるマウスで実験をするようにと言われました。

この場合の統計手法に関して、大変初歩的なことだとは思いますが質問させてください。

私が選んだ統計解析手法は、対のない実験データであること、両側検定をすべきであることから、

two-tailed un-paired T-testを選びました。手段はエクセルのTテストです。
これで解析してみてもいいのでしょうか?

大学院に入ったばかりで勉強中です。
これでいいのだと思うのですが、論文を調べると必ずしもTテストばかりではないようなので、ここで質問させていただきました。ご指導いただけませんでしょうか?
どうかよろしくお願いいたします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



16件 ( 1 〜 16 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.8080-16 - 2019/07/25 (木) 23:50:46 - おお
>また、等分散検定をしてからどちらのt検定を使うか決めるのは、それ自身多重検定となるので勧められません。

了解です。自身でも機会があれば調べてみます。

(無題) 削除/引用
No.8080-15 - 2019/07/25 (木) 14:25:44 - 1
自分のサンプルの条件と照合しながらYes/Noで進んでいくと最適な検定法にたどり着く統計双六みたいなのがあると思うのだが。

(無題) 削除/引用
No.8080-14 - 2019/07/25 (木) 14:11:15 - ちき
ちなみに、Maxima、R、Statwing、Minitabなどの統計解析ソフトウェアはオプション指定しないでt検定すると、全てウェルチのt検定になるそうです。自分ではRしか確認していません。

(無題) 削除/引用
No.8080-13 - 2019/07/25 (木) 09:48:09 - ちき
分散が等しい二群にウェルチのt検定を適用してもほとんど問題ありません。一方、分散の異なる二群にスチューデントのt検定をしてしまうと、特に二群のサイズが違う場合に顕著ですが、p値が大きく歪むことがあります。(これは、おおさんのコメントのとおり)

また、等分散検定をしてからどちらのt検定を使うか決めるのは、それ自身多重検定となるので勧められません。更に、等分散検定自身、統計的仮説検定なので、分散が異なることは結論できても、分散が等しいことは結論できません。これらはここ数年特に指摘されるようになりました。

等分散検定をせずに、デフォルトでウェルチのt検定、分散が等しい十分な根拠がある場合のみスチューデントt検定、が現在のところ正しいプラクティスです。

(無題) 削除/引用
No.8080-12 - 2019/07/18 (木) 01:26:38 - おお
若干理解を深めようとしている節があるところは一応コメントします。

>ウェルチ(これは分散が同じではない2群の比較)

そうです。ただしnがそんなに多くないと区別がつかないことが多いし、実際それを意識して使っている人がどの程度いるかわかりません。そういう意味ではStudent Tを使ってしまうことが多いと思います。nが多いと分散をある程度正確に調べられるのでその根拠をもってウェルチを使うなら理論的にすすめるとは思います(みなさんがどのように判断しているかは気がついた人がコメントしていただければ助かります。

Student Tの欠点はnがサンプル間で大きく違うとエラーを拾いやすくなります。そういう点ではウェルチのほうが優れています。

>ANOVAが3群以上のもの

ANOVAは群間の比較ができません。大抵の統計ソフトではPost hocで群間比較をやる様になっています。またANOVAを使わないで多重検定の補正を行うこともできます。ANOVAを使わない多重検定の補正はANOVAで有意差がでなくってPost hocに進めない場合でも有意差を得ることができる場合があります。これも使い分けをどうするかというのは他の皆さんにも聞いてみたい気がします。

(無題) 削除/引用
No.8080-11 - 2019/07/18 (木) 00:51:23 - こいけ
>[Re:1] 実験初心者さんは書きました :
> 私の役目はラボに入ったばかりでリバイス実験するように言われた立場

> 大学院に入ったばかりで勉強中です。

先輩や教授と話しあわれたほうがいいと思います。リバイス実験ということは追加実験であったり引き継ぎの実験ですよね?前任者はどういう統計方法を使用していたのですか?あなたが勉強された統計方法が研究室の実験に当てはまるのかどうかをメンバーやボスと検討するのも大学院ですることです。

> 私が選んだ統計解析手法は、対のない実験データであること、両側検定をすべきであることから、two-tailed un-paired T-testを選びました。手段はエクセルのTテストです。これで解析してみてもいいのでしょうか?
と、先輩や教授に聞いてみましょう。ダメと言われたら正解を聞きましょう。

(無題) 削除/引用
No.8080-10 - 2019/07/17 (水) 10:58:36 - おお
>細胞培養やマウスを扱った実験で、2軍もしくは三軍以上を比較する際にはTテスト、アノバさえできていれば、大概のことはやっていけませんか?

それはどんな研究をしてどんな手法をつかうのかとかでも違ってくるかもしれないから、答えて誤解を招いたりしたら嫌だし、大抵はそうだといったとしても、いつもそうとは限らないわけで無責任なことは言えませんし。

まあ解説したとしても、前に示したURLから部分引用するはめになると思う。ほんとに勉強しようと思うんなら、手持ちの本があるならそれを読んでそれをベースに質問してください。

(無題) 削除/引用
No.8080-9 - 2019/07/17 (水) 10:49:23 - まっくろん
 入り口としてネット上で閲覧できる「ハンバーガー統計学」や「統計検定を理解せずに使っている人のために」などはわかりやすいと思います。

(無題) 削除/引用
No.8080-8 - 2019/07/17 (水) 10:45:58 - 実験初心者
おお先生

無礼を承知でお願いしております。
平身低頭でお願いしています。

細胞培養やマウスを扱った実験で、2軍もしくは三軍以上を比較する際にはTテスト、アノバさえできていれば、大概のことはやっていけませんか?

統計の本も買ってあるのですが、めちゃくちゃ解析法に種類があり、実際私の分野で必要なのってTテストとアノバだけじゃないのか?と思いました。

ただ中にはこれら二種類以外にも論文またはうちのラボでも過去に使われていて、使い分けが兎に角わからないんですよね...

(無題) 削除/引用
No.8080-7 - 2019/07/17 (水) 10:40:16 - おお
ちなみに私はこの紙の本をもってます。
http://www.biostathandbook.com/

(無題) 削除/引用
No.8080-6 - 2019/07/17 (水) 10:37:51 - おお
ラボの人に聞いたらどうですか?

(無題) 削除/引用
No.8080-5 - 2019/07/17 (水) 10:33:46 - 実験初心者
おお先生

>それぞれを解説していたらなんか統計の授業になってしまう。。。

簡単にで結構ですので、そこをなんとかお願いできませんでしょうか...

ANOVAが3群以上のものを比較するときというのはわかりました。

(無題) 削除/引用
No.8080-4 - 2019/07/17 (水) 10:32:03 - おお
かんたんな統計の本を買うか、図書館とかで読むとかしたらどうですか?

WEBで検索でもいいけど、ちゃんとしたことが書かれているかわからないで読むと混乱するかもしれません。しいて言えば統計ソフトを売っている所のWEB上の解説なら変なことは書かれてないでしょうけど。

それぞれを解説していたらなんか統計の授業になってしまう。。。

(無題) 削除/引用
No.8080-3 - 2019/07/17 (水) 08:27:03 - 実験初心者
おお先生、ありがとうございます!
おお先生も同意されるということでしょうか...良かったというかほんとにこれでいいのかなという疑問もあります...

論文ではANOVAというものやウェルチ(これは分散が同じではない2群の比較ですよね?)やら、Mann–Whitney U test, Fisher exact test, One-way analysis of variance followed by the Bonferroni post-test, D'Agostino and Pearson omnibus K2 normality tests なんかが私のラボの過去の論文で使われていまして、果たしてこれらはどういったときにどう使い分けるのかわかりません...

(無題) 削除/引用
No.8080-2 - 2019/07/17 (水) 06:29:57 - おお
ま、選択肢がT-testぐらいしかないですね。あるいはWelch's t-testでしょうけどそこまで言う人がいるかどうか。

実験で用いる統計解析のほとんどはTテストでいいのでしょうか? 削除/引用
No.8080-1 - 2019/07/17 (水) 04:21:11 - 実験初心者
現在マウスの造血幹細胞の%をWTとノックアウトマウスで調べています。

同腹(3ヶ月齢)のWTとKOが2匹ずつ得られたので、解析したところ顕著な差を認めました。

再現性を見るためマウスコロニーを調べたところ、同腹(9ヶ月齢)のWTとKOの1ペア、同腹(10ヶ月齢)のWTとKOの1ペアがあったので、合わせてWT2匹、KO2匹で解析して同様に顕著な差を認めました。

3回再現性を見たいため、同腹(5ヶ月齢)のKO2匹と、同腹の(6ヶ月齢)のWT匹があったので、合わせてWT2匹、KO2匹で解析して同様に顕著な差を認めました。

全てのデータセットを合わせると、WT6匹、KO6匹です。
造血幹細胞の%はKOで顕著に増えていました。WTは安定して変わらずです。

私の役目はラボに入ったばかりでリバイス実験するように言われた立場なので、週齢を合わせたりすることは時間の制約上できません。今あるマウスで実験をするようにと言われました。

この場合の統計手法に関して、大変初歩的なことだとは思いますが質問させてください。

私が選んだ統計解析手法は、対のない実験データであること、両側検定をすべきであることから、

two-tailed un-paired T-testを選びました。手段はエクセルのTテストです。
これで解析してみてもいいのでしょうか?

大学院に入ったばかりで勉強中です。
これでいいのだと思うのですが、論文を調べると必ずしもTテストばかりではないようなので、ここで質問させていただきました。ご指導いただけませんでしょうか?
どうかよろしくお願いいたします。

16件 ( 1 〜 16 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。