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RNA-seqをIGVで見たときに緑のリードが多い理由 削除/引用 No.8048-1 - 2019/07/04 (木) 10:45:08 - 徒弟 お世話になっております。 掲題の通りに、RNA-seqのデータで悩んでいることがあり、 また皆様のお知恵をお借りしたく投稿させて頂きました。 マッピングしたRNA-seqのbamファイルを IGVで見ると、緑色のリードを妙に多く感じました。 どのような時にこのようなリードが多くなりますでしょうか？ 尚、当方のRNA-seqパイプラインは以下の通りです。 (1)fastqをTrimmoaticでアダプター除去・低品質の塩基を除去 (2)tophat2でマッピング 尚、(2)でHISAT2でもマッピングしてみましたが同様の傾向を示しました。 以上になります 宜しくお願い致します。

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