お世話になっております。
転写因子に対する抗体を使ってChIP-seqにかけるサンプルを準備中です。
まず抗体をチェックするために、CｈIP用に処理、IPしたサンプルでWBを行ったところ、目的の転写因子のバンドがきれいに得られたのですが、IP効率は2-3％と高くありませんでした。
次に、ターゲットとされる領域に対するいくつかのプライマーを使ってChIP-qPCRを行ったところ、転写因子を刺激すると2倍程度シグナルが上昇しましたが%inputは0.1%程度でした。
（クロマチンサイズは200-500であることを確認）
質問は、できるだけChIP-seqでポジティブなデータ（ピーク）が得られるであろうサンプルであることを確認してからChIP-seqを外注したいのですが、上記のデータでは不十分でしょうか？
目的の転写因子はホルモンレセプターのvariantでもともとの発現も低く、ターゲットとなる領域もはっきりしていません。
自分のラボではこういう方法でサンプルを確認してからChIP-seqにかけているなどあれば教えて頂きたいです。 |
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