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恒常的にスプライシングをブロックする方法 トピック削除
No.8014-TOPIC - 2019/06/23 (日) 06:59:26 - AAVS1
アドバイスをいただけると嬉しいです。
私はある疾患の変異を研究していますが、そのエクソン内の遺伝子変異があると異常なmRNAスプライシングが生じ、機能欠失型のタンパク質が作られてしまいます。

anti-sense morpholino oligo(AMO)でスプライスサイトをブロックするときちんとスプライシングを正常化することができましたが、そのたびにトランスフェクトしなくてはなりません。

今後、in vivoでその細胞をinjectionしたいので、どうにか恒常的にスプライシングサイトをブロックする方法がないか考えています。

スプライシングサイトに設計したshRNAをAAVS1遺伝子座に導入する方法も考えましたが、これではRNAseHの誘導によりそもそもの遺伝子が分解されてしまいます。AMOを発現するカセットをAAVS1遺伝子座に導入できればいいのですが、AMOを発現する方法はなさそうです。

他になにかいい方法はありませんでしょうか。
誠に初歩的な質問だとは存じますが、経験豊富な方々からのご意見をお聞きしたいのでトピックを立てさせてもらいました。よろしくお願いいたします。
 
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No.8014-5 - 2019/06/27 (木) 11:44:37 - asan

スプライシングのアクセプター配列に変異を加えるとか、自分のやりたいようなことをやってる論文を調べてみればいいのでは?

shRNAを発現させるだけなら、AAVS locusにわざわざインテグレートさせなくてもレンチまたはレトロウイルスで強制発現株ないしプールの細胞を作ればいいと思います。

(無題) 削除/引用
No.8014-4 - 2019/06/23 (日) 10:15:26 - おお
PUF proteinsはターゲットRNAの配列に合わせて特異的な結合蛋白を作ることができるよ。

(無題) 削除/引用
No.8014-3 - 2019/06/23 (日) 10:07:39 - 遠さく推し
よく分からずに書き込みしますが、ゲノム編集で用いるsgRNAをその部分に設計できたとして、それがゲノムにハイブリダイズすることでスプライシングって影響されたりしませんか?
あるいはおおさんが言われてるように、sgRNA+非活性のCas9を一緒に入れたらスプライソソームがアクセス出来なくなり、結果的に正常なスプライシングが起きるようになったりするのでは?

sgRNAだけでも効果ってありますかね?

(無題) 削除/引用
No.8014-2 - 2019/06/23 (日) 09:27:33 - おお
その部分の配列に特異的に結合する蛋白をengineeringすればどうだろうか。

恒常的にスプライシングをブロックする方法 削除/引用
No.8014-1 - 2019/06/23 (日) 06:59:26 - AAVS1
アドバイスをいただけると嬉しいです。
私はある疾患の変異を研究していますが、そのエクソン内の遺伝子変異があると異常なmRNAスプライシングが生じ、機能欠失型のタンパク質が作られてしまいます。

anti-sense morpholino oligo(AMO)でスプライスサイトをブロックするときちんとスプライシングを正常化することができましたが、そのたびにトランスフェクトしなくてはなりません。

今後、in vivoでその細胞をinjectionしたいので、どうにか恒常的にスプライシングサイトをブロックする方法がないか考えています。

スプライシングサイトに設計したshRNAをAAVS1遺伝子座に導入する方法も考えましたが、これではRNAseHの誘導によりそもそもの遺伝子が分解されてしまいます。AMOを発現するカセットをAAVS1遺伝子座に導入できればいいのですが、AMOを発現する方法はなさそうです。

他になにかいい方法はありませんでしょうか。
誠に初歩的な質問だとは存じますが、経験豊富な方々からのご意見をお聞きしたいのでトピックを立てさせてもらいました。よろしくお願いいたします。

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