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RT-qPCR 反応液量を減らしたい トピック削除
No.8012-TOPIC - 2019/06/22 (土) 23:06:19 - Q
コストダウンのためRT-qPCR 反応スケールを小さくしたいです。
現在20μLで相対定量しています。内部標準と標的配列のΔCt値はおよそ7くらいです。スケールダウンにあたって何に気をつけたらよいですか? また実用的にどのくらいまで減らせますか? よろしくお願いいたします。
 
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No.8012-9 - 2019/06/27 (木) 09:35:00 - Q
No.8012-8 SYBR master さん
ひじょうに具体的なご助言ありがとうございます。こちらの湿度は夏50-60%,冬10%くらいです。10マイクロを目標に調整します。

(無題) 削除/引用
No.8012-8 - 2019/06/26 (水) 17:31:38 - SYBR master
>[Re:3] Qさんは書きました :
> 試料数が多いのと機械の都合で96Wellフォーマットを予定しています。
> チューブプレートの容量は0.1mLか0.2mLを選べます。

0.1なら10マイクロは確実行けますが、0.2だと実験環境の乾燥次第です。室内湿度が50から60%あれば大丈夫ですが、40%以下の日本の冬場、特に関東の研究室だったりすると20%以下だったりするところもあると思いますので、数が多いと乾燥で液量のブレが起きて、データもそれにつられてブレます。

湿度も60%超えると何か悪いことがあるのか、経験していないので解りませんが、DNA鑑定とか法医学では、60%以下の環境を推奨しています。

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No.8012-7 - 2019/06/23 (日) 15:01:48 - Q
No.8012-6 おおさん、ありがとうございます。
そのようにします。安定しないと結局節約にならないんですよね。

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No.8012-6 - 2019/06/23 (日) 13:08:46 - おお
まずお使いの機種のスペックで許容容量の範囲が記載されていないか見てみるといいでしょう。また、思い切ってその会社に問い合わせてもいいかもしれません。

増やせるかどうかという点では昔のqPCR用でないマシーンでも10あればそん色なく増やせてました。

一度やってみてどれくらい安定したデーターがだせるかやってみてもいいのかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.8012-5 - 2019/06/23 (日) 10:27:59 - Q
No.8012-4 おおさん

1536 wellすごいですね。増幅有無をハイスループットでこなす目的で良さそうです。定量するには液量のぶれを補正するROXっぽいものが要りますね。インターカレート色素だとwell間で等価に扱えない気がします。なので内部標準と標的の多色マルチプレックスを使うのが良さそうです。湿度管理付のクリーン環境で分注作業ですね。すごい微量試料の分析が可能になります。

コストダウンのために試薬使用量を減らしたいのです(泣

(無題) 削除/引用
No.8012-4 - 2019/06/23 (日) 09:31:21 - おお
1536 well なら1とか2マイクロでできるらしいけどね。

(無題) 削除/引用
No.8012-3 - 2019/06/23 (日) 09:22:16 - Q
No.8012-2 おおさん

試料数が多いのと機械の都合で96Wellフォーマットを予定しています。
チューブプレートの容量は0.1mLか0.2mLを選べます。

なるほど、384 Wellフォーマットという手がありました。
共用の機械であることと、手分注であることから難しそうです。
反応ブロックの交換、384wellサイズの容器の新規購入がハードル高いです。
そこがクリアできた場合に384 Wellサイズに手分注可能か? という点は知りたいです。

チューブの気相容量はどのくらいまで大丈夫か、
内部標準と標的がダイナミックレンジに収まる実用的な最小液量をどうやって知ればよいかで悩んでいます。

(無題) 削除/引用
No.8012-2 - 2019/06/23 (日) 08:12:20 - おお
96Wellフォーマット以外選択肢がないのですか?

RT-qPCR 反応液量を減らしたい 削除/引用
No.8012-1 - 2019/06/22 (土) 23:06:19 - Q
コストダウンのためRT-qPCR 反応スケールを小さくしたいです。
現在20μLで相対定量しています。内部標準と標的配列のΔCt値はおよそ7くらいです。スケールダウンにあたって何に気をつけたらよいですか? また実用的にどのくらいまで減らせますか? よろしくお願いいたします。

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