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(無題) 削除/引用 No.7951-2 - 2019/06/04 (火) 06:18:36 - おお その非モデル生物にちかいモデル生物でProtein Kinaseをすべてピックアップしてそれぞれの配列に最も近いものをオーソログとして拾う手はあるかと思いますが、その生物特有のものは拾えないかもしれません。 多分誰かがやっていると思いますがProtein kinaseでグルーピングしてモチーフ抽出していればそれから拾うことはできるかもしれません。Protein kinaseといっても多分いくらかのグループで分けてやったほうがいいかとおもいます。

非モデル生物のキノーム作成 削除/引用 No.7951-1 - 2019/06/03 (月) 21:18:35 - Inawashiro ゲノム解読が完了している非モデル生物の、ゲノム中に存在するプロテインキナーゼだけをリストアップしたい場合には、どういった方法が考えられるでしょうか？ 問題は、アノテーションがキナーゼとなっていてもキナーゼではない場合もあるし、その逆もありうることです。 Queryとしてよく保存されているアミノ酸配列を使うことも考えましたが、どれだけその結果が信用できるのかも正直よくわかりません。 バイオインフォマティクス初心者なのでできるだけ簡便な方法が望ましいですが、考えられる方法がありましたら教えてください。よろしくお願いします。

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