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(無題) 削除/引用 No.793-13 - 2012/08/09 (木) 02:19:10 - KEN 橘さんのRAXMLの使い方間違っていないか？ これじゃRAXMLでNJ bootは計算できない。 -zの後ろの説明も微妙。。。

(無題) 削除/引用 No.793-12 - 2012/08/07 (火) 19:09:43 - たろ 解析法が変わることで、樹形が変わるような部分は、 ブートストラップ値も低くなるし、信用が置けず議論に使えないように思います。 なのでBSを併記する意義がどこまであるか疑問です。 私はML か bayes をメインの樹形にして、そこに NJ/MP/ ML/ bayesのようにしてブートストラップ値を入れ メインとしている系統樹とコンセンサスが取れない樹形に関しては、 NC (not consensus) などとして、レジェンドにNCの意味を書いています 例えば MPが違う樹形を書いている場合は、以下のように書きます 75/NC/80/0.95

(無題) 削除/引用 No.793-11 - 2012/08/02 (木) 17:19:53 - 橘 -tで指定した系統樹の各クレードの、-zで指定した系統樹群の中での出現率を計算するのが私が書いた処理です。 この意味が理解できないなら使わないほうが無難です、というか分子系統樹推定自体を諦めて下さい。

(無題) 削除/引用 No.793-10 - 2012/08/02 (木) 07:51:17 - ひろ 自分でいろいろ試行錯誤しているんですが わからなくてたびたび質問しています。 お許し下さい。 あと大量の系統樹ってMLで作成したものでいいんでしょうか？ RAxML-bootstrapとかでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.793-9 - 2012/08/01 (水) 16:46:41 - 橘 さっき試したら、配列ファイルを-sで指定する必要はありませんでした。 -mと-nはやっぱり必要みたいですが。

(無題) 削除/引用 No.793-8 - 2012/08/01 (水) 16:16:27 - 橘 -tの後ろには、出現頻度を知りたい系統樹(ML系統樹など)が1本だけ含まれているNewick形式ファイルを指定します。 -zの後ろには、大量の系統樹(ブートストラップの各反復で得られる系統樹群など)を大量に含むNewick形式ファイルを指定して下さい。 7.2.3以降ならこの部分の動作は変わっていないと思います。 最新版(この時点で7.3.2)のWindows用バイナリは https://github.com/sim82/standard-RAxML/tree/win32/binaries にあります。 ダウンロードしたいファイル名をクリックしてリンク先に飛び、「Raw」を押せばダウンロードできます。

(無題) 削除/引用 No.793-7 - 2012/08/01 (水) 14:23:48 - ひろ いろいろとありがとうございます。 RAXMLは結構使いこなせるようにはなってきたのですが -t -z のあとのnwkはどんなファイルをおいたらいいんでしょうか？ 作成したMLのファイルを片一方におくのはわかるのですが。 うまく作動しません。 RAXMLのバージョンが違うんでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.793-6 - 2012/07/30 (月) 14:20:57 - 橘 すっかり忘れてましたが、そう言えばRAxMLでもできるんでした。 RAxMLならPerl要りませんので、こっちの方が楽かもしれません。 http://sco.h-its.org/exelixis/software.html コマンドは、 raxmlHPC -f b -t ML.nwk -z NJboot.nwk -m GTRCAT -s foo.phy -n nwk とかやればいいです。 目的のファイルはRAxML_bipartitions.nwkという名前で保存されていると思います。 foo.phyはPHYLIP形式のアライメント済み配列ファイルです。 このコマンドでは配列ファイルは使われないのですが、RAxMLは置換モデル(-m XXX)と配列ファイル(-s XXX)と出力ファイル名suffix(-n XXX)の指定が必須という仕様上の制限があるため、指定しなくてはなりません。

(無題) 削除/引用 No.793-5 - 2012/07/30 (月) 12:29:50 - 橘 「MLで算出した系統樹をNJで計算し直す」の意味が不明です。 そのままの意味で取ると、bongoryさんのご指摘通り、「そもそもそんなことは不可能」というのが答えです。 「MLで算出した樹形のNJでのブートストラップ値を算出する」のなら可能です。 今、仮にML系統樹がML.nwk (ML系統樹1本を含む)、NJのブートストラップ解析結果がNJboot.nwk (各反復のNJ系統樹1本ずつ、計数百本を含む)というNewick形式のファイルで手元にあるとすると、 pgsumtree --mode=MAP --treefile=ML.nwk NJboot.nwk Output.nwk というコマンドで目的のファイルが得られます。 pgsumtreeはPhylogears2に含まれるコマンドです。 以下からダウンロードして下さい。 http://www.fifthdimension.jp/products/phylogears/ 他のソフトでもできるかもしれませんが、私は知りません。

(無題) 削除/引用 No.793-4 - 2012/07/30 (月) 10:55:55 - bongory NJ法ってこちらから樹形を与えることができるんですか？

(無題) 削除/引用 No.793-3 - 2012/07/30 (月) 07:25:00 - ひろ ありがとうございます。 いろいろ調べたのですが MLで算出した系統樹をNJで計算し直す場合 簡便なソフトってありますか？

(無題) 削除/引用 No.793-2 - 2012/07/29 (日) 16:17:03 - 橘 共通する部分以外は多分岐にしてしまえば、信頼性は簡単に併記できるんじゃないですか。 もしくは、MLの結果を載せることにした場合、ML樹形の信頼性をMPやNJでも算出してやれば併記できますね。

系統樹の作成 削除/引用 No.793-1 - 2012/07/29 (日) 11:49:27 - ひろ ある分子に関して系統樹を作成しているのですが 計算法によって 枝葉の部分が異なる系統樹が作成されてしまうのですが この場合ブートストラップはどのように併記したらいいんでしょうか？

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