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Crispr/Cas9で作製したKOマウスの変異の解析
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No.7910-TOPIC - 2019/05/22 (水) 16:52:31 - GS400
Crispr/Cas9システムを使ってKOマウスを作製しようと思います。
KOマウスのtailを使って変異が入っているか調べる場合、みなさんはどのようにして解析しているのでしょうか?
tailのgDNAをテンプレートにしたPCRとシーケンスを行う場合、ヘテロKOだとWTとKOのアリルが存在すると思うので、PCRでKOアリルをうまく検出できるのかなあと疑問に思ってます。
初歩的な質問で申し訳ありません。。。
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No.7910-8 - 2019/05/28 (火) 19:26:20 - AA
樹立後のタイピングの煩雑さや、非定型翻訳などを考慮すると、
単にNHEJでフレームシフトでノックアウトするよりも、
2箇所で切って、KOドナーである程度のエクソンを
まとめて抜いてしまうほうが結果的には楽かもしれません。
F0で解析したい場合は不向きですが。
(無題)
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No.7910-7 - 2019/05/28 (火) 13:54:47 - GS400
確かにそのやり方もありますね!!
参考になります、ありがとうございます!!
(無題)
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No.7910-6 - 2019/05/25 (土) 02:07:43 - プラスミド
プラスミドにPCR産物をクローニングして、複数個拾ってシークエンスするのもありかもしれません
(無題)
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No.7910-5 - 2019/05/24 (金) 16:19:29 - GS400
受託ではなく、1から樹立を目指してます。
私もシーケンスで確認することを考えてます。
各アリル特異的なプライマーでPCRも安易な方法でよいですね。
(無題)
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No.7910-4 - 2019/05/24 (金) 09:12:46 - GLUT4
樹立から始められるのでしょうか?
私は受託でノックアウトマウスを作製してもらいましたが、ジェノタイピングPCRは各アリル特異的なプライマーでPCRをしています。
シークエンスは最初に確認はしました。
(無題)
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No.7910-3 - 2019/05/24 (金) 09:07:15 - GS400
おおさま、アドバイスをありがとうございます。
制限酵素部位をみつけて試してみようと思います。
とても助かりました。
(無題)
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No.7910-2 - 2019/05/23 (木) 01:09:30 - おお
デザインの段階で制限酵素認識部位が潰れたりするようにできれば(また偶然潰れたクローンとか、偶然認識配列ができたクローンとか)、PCR後制限酵素処理で見れると思う。
PAGEなら5ベースも長さが違うと検出できる。
Crispr/Cas9で作製したKOマウスの変異の解析
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No.7910-1 - 2019/05/22 (水) 16:52:31 - GS400
Crispr/Cas9システムを使ってKOマウスを作製しようと思います。
KOマウスのtailを使って変異が入っているか調べる場合、みなさんはどのようにして解析しているのでしょうか?
tailのgDNAをテンプレートにしたPCRとシーケンスを行う場合、ヘテロKOだとWTとKOのアリルが存在すると思うので、PCRでKOアリルをうまく検出できるのかなあと疑問に思ってます。
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