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RhoA T19N トピック削除
No.7891-TOPIC - 2019/05/15 (水) 18:11:22 - me
皆様お世話になっております。

RhoAと結合する可能性のあるタンパク質の結合解析を行い,とりあえず293細胞でのコトランスフェクションでの結合解析を行ったところ、WT, GTP結合型変異体、GDP結合型変異体のうち、GDP結合型変異体であるT19Nと特異的に結合することがわかりました(他二種類とは全く結合しない)。ところがたまたま同じメンブレンでウエスタンブロットしていた、違う実験の違うタンパク質でも結合が検出されてしまい、ノンスペ結合の可能性も疑っています。

RhoAのT19Nはこのような非特異的結合って頻繁に起こりうるのでしょうか?
もしよろしければ、ご教授ください。
 
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(無題) 削除/引用
No.7891-5 - 2019/05/16 (木) 08:03:23 - moz
WT+GTP-γSではどうなりますか?

(無題) 削除/引用
No.7891-4 - 2019/05/16 (木) 05:46:01 - おお
>ところがたまたま同じメンブレンでウエスタンブロットしていた、違う実験の違うタンパク質でも結合が検出されてしまい

ネガコンと考えて妥当か?その他のタンパク質のIPにおけるネガティブコントロールでバンドがあるか? IPコンディションなど同じなのか?WTで結合しないことをどう説明するのか?

(無題) 削除/引用
No.7891-3 - 2019/05/16 (木) 03:58:47 - moz
RhoAを扱った事は無いけど、記載されている実験が全く理解出来ません。
「結合解析」って具体的にどういった手法でしょうか?
なぜ「たまたま同じメンブレンでウエスタンブロットしていた、違う実験の違うタンパク質でも結合が検出されてしまい」が出てくるのでしょうか。いわゆるfar-western的な手法かな?

なお、一般的に「結合解析」は一つの手法のみでは信頼性が低いので、複数手法で証明するのが定法です。
また、常時活性型変異は野生型(条件活性型?)に比較して相互作用が強くなる傾向に有ります。活性状態でのみ結合するという相互作用様式を考えれば、当たり前といえば当たり前かもしれませんが。
また細胞内での相互作用を検出するような手法では、(変異型vs野生型の)タンパクの安定性も考慮しないと間違った結論を導く可能性もあるので注意してください。

RhoA T19N 削除/引用
No.7891-1 - 2019/05/15 (水) 18:11:22 - me
皆様お世話になっております。

RhoAと結合する可能性のあるタンパク質の結合解析を行い,とりあえず293細胞でのコトランスフェクションでの結合解析を行ったところ、WT, GTP結合型変異体、GDP結合型変異体のうち、GDP結合型変異体であるT19Nと特異的に結合することがわかりました(他二種類とは全く結合しない)。ところがたまたま同じメンブレンでウエスタンブロットしていた、違う実験の違うタンパク質でも結合が検出されてしまい、ノンスペ結合の可能性も疑っています。

RhoAのT19Nはこのような非特異的結合って頻繁に起こりうるのでしょうか?
もしよろしければ、ご教授ください。

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