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PCR産物の量はプライマー量以上に増えないですよね? トピック削除
No.7881-TOPIC - 2019/05/09 (木) 22:07:40 - PCR初心者
大変初歩的な質問になりますこと、お許しください。

現在、あるssDNAをテンプレートとしてPCRをかけています。
問題なく増幅し、アガロースゲルにて単一バンドであることを確認後、
精製し、いざ濃度を測定してみると
思った以上に高濃度で目的産物を得ることができました。

ここで、その獲得できたPCR産物の総収量をmolに変換しますと、
PCRの溶液調整に用いたプライマーのmol数を大幅に超過していることに気がつきました。

原理は把握しているつもりなのですが、
添加したプライマーのmol数以上にpcr産物のmol数が増えることはあり得ないのではと考え、質問させていただいた次第です。

同様の結果を経験したことがある方などいらっしゃいましたらご教授いただけますと幸いです。

よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.7881-8 - 2019/05/10 (金) 11:55:10 - PCR初心者
新たな方法論をご教示いただき、ありがとうございました。

実はPCR後に、アフィニティカラムにPCR断片を担持させた後に、
水素結合を切断することでssDNAを得ています。
精製過程でのロスなどがあることから、本来のPCR後の収量とは完全には一致しないのかなとも思いますが、参考にさせていただければと思います。

ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.7881-7 - 2019/05/10 (金) 09:42:14 - cDNA
アガロース電気泳動を行っているなら、マーカーとの比較で、おおよその濃度を計算してあるでしょうか。
精製後の濃度と一致するか確認してみれば、皆さんの指摘通りなのか分かるでしょう。

(無題) 解決済み 削除/引用
No.7881-6 - 2019/05/10 (金) 09:24:24 - PCR初心者
みなさまありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.7881-5 - 2019/05/10 (金) 07:21:09 - AP
フリーのdNTPやプライマー込みで吸光度測定をしていた疑い

(無題) 削除/引用
No.7881-4 - 2019/05/10 (金) 03:40:17 - おお
https://www.bioline.com/media/calculator/01_14.html

(無題) 削除/引用
No.7881-3 - 2019/05/09 (木) 22:30:22 - ふみ
総収量を見積もる際に、dNTPを除いてから測定するようにしていますか?

(無題) 削除/引用
No.7881-2 - 2019/05/09 (木) 22:28:43 - さみー
PCRの工程を図に書き出してみたら理解できると思う

PCR産物の量はプライマー量以上に増えないですよね? 削除/引用
No.7881-1 - 2019/05/09 (木) 22:07:40 - PCR初心者
大変初歩的な質問になりますこと、お許しください。

現在、あるssDNAをテンプレートとしてPCRをかけています。
問題なく増幅し、アガロースゲルにて単一バンドであることを確認後、
精製し、いざ濃度を測定してみると
思った以上に高濃度で目的産物を得ることができました。

ここで、その獲得できたPCR産物の総収量をmolに変換しますと、
PCRの溶液調整に用いたプライマーのmol数を大幅に超過していることに気がつきました。

原理は把握しているつもりなのですが、
添加したプライマーのmol数以上にpcr産物のmol数が増えることはあり得ないのではと考え、質問させていただいた次第です。

同様の結果を経験したことがある方などいらっしゃいましたらご教授いただけますと幸いです。

よろしくお願いいたします。

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