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prefetch NCBI SRA tool kit トピック削除
No.7876-TOPIC - 2019/05/09 (木) 12:54:28 - AU
NCBIから、prefetchでSRAファイルをdownloadするときに、fastq-dumpの--outdirのような、保存先をその都度指定できるコマンドはあるのでしょうか？
ご存知の方いたら教えてください。
Asperaから直接なら指定できるはずですが、多分回線の問題でポート接続できず、prefetchのAspera optionからだと何故か繋がるようで
その都度、vdb-configで、default変更すると、戻し忘れそうで…、必ず戻す構文作れば良いのですが、途中で止まったりすると…なので、いい方法ないかと思っています。
　
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prefetch NCBI SRA tool kit 削除/引用
No.7876-1 - 2019/05/09 (木) 12:54:28 - AU
NCBIから、prefetchでSRAファイルをdownloadするときに、fastq-dumpの--outdirのような、保存先をその都度指定できるコマンドはあるのでしょうか？
ご存知の方いたら教えてください。
Asperaから直接なら指定できるはずですが、多分回線の問題でポート接続できず、prefetchのAspera optionからだと何故か繋がるようで
その都度、vdb-configで、default変更すると、戻し忘れそうで…、必ず戻す構文作れば良いのですが、途中で止まったりすると…なので、いい方法ないかと思っています。
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