Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

抗体のタンパク質配列決定に関して トピック削除
No.7861-TOPIC - 2019/05/03 (金) 02:20:59 - タンパク質配列決定
いつも勉強させていただいています。

ざっくりとした質問で大変申し訳ありませんが、今、あるラットモノクローナル抗体のタンパク質の配列(実際には重鎖と軽鎖の可変部)を知りたいです。塩基情報は手元には無い状態です。ただし精製したタンパク質は100μgほどあります。

配列決定する方法はありませんでしょうか?
調べたところ、プロテインシークエンスという方法が受託会社で提供されてるようですが、(古典的な?)エドマン分解法による同定のようなのか、数アミノ酸程度を同定するもののようでした。

例えばこの精製タンパク質をパパインで分解し、Fabのみを質量分析計でタンパク質の配列決定は可能なのでしょうか...?

この辺りに明るくないため、ちょっとしたヒントをいただけると自分で深く掘り下げられると考えていますので、コメントをお寄せいただけますと幸いです。
よろしくお願いします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.7861-5 - 2019/05/05 (日) 16:43:55 - moz
すいません。「定常領域」でなく可変領域内部の「フレームワーク領域」でした。

(無題) 削除/引用
No.7861-4 - 2019/05/05 (日) 07:13:40 - おお
モノクロであればそのクローン(細胞があれば)その遺伝子から決定できるだろう(最近は遺伝子配列を決定してリコンビナントで作る手も使われているようだし)。

また、ペプチド配列決定は今は質量分析を使っておこなうのがポピュラーである。

などというのはお気づきなのでしょうか、、、

(無題) 削除/引用
No.7861-3 - 2019/05/03 (金) 05:22:57 - moz
FAQですね。
まず、超可変領域のアミノ酸だけでなく定常領域のアミノ酸配列(部分的に決定できればゲノム配列から全配列を再現出来るかも)も重要です。
定常領域が異なると超可変領域の立体配置が変わり親和性が著しく低下する場合が多いです。
次いで、抵触とは、特許の事でしょうか。
その抗体の特許が成立しているとすると、公開されている特許文章中に抗体のアミノ酸配列はありませんか?
また、コピーは研究目的で使用する限り(他者に供与しない)かぎり通常は問題ありません。

(無題) 削除/引用
No.7861-2 - 2019/05/03 (金) 03:09:40 - タンパク質配列決定
トピ主です。

探し方が悪かったのか、抗体の配列決定を行う企業を見つけることが出来ました。
可変領域の配列決定だけなら、パパインで消化して、Fab2の配列決定をお願いすれば、より短期間で低いコストでできるのかもしれませんね。

ただ、市販の抗体の配列決定して、組替えタンパク質として発現させるような場合には、やはり抵触してしまうのでしょうか?

抗体のタンパク質配列決定に関して 削除/引用
No.7861-1 - 2019/05/03 (金) 02:20:59 - タンパク質配列決定
いつも勉強させていただいています。

ざっくりとした質問で大変申し訳ありませんが、今、あるラットモノクローナル抗体のタンパク質の配列(実際には重鎖と軽鎖の可変部)を知りたいです。塩基情報は手元には無い状態です。ただし精製したタンパク質は100μgほどあります。

配列決定する方法はありませんでしょうか?
調べたところ、プロテインシークエンスという方法が受託会社で提供されてるようですが、(古典的な?)エドマン分解法による同定のようなのか、数アミノ酸程度を同定するもののようでした。

例えばこの精製タンパク質をパパインで分解し、Fabのみを質量分析計でタンパク質の配列決定は可能なのでしょうか...?

この辺りに明るくないため、ちょっとしたヒントをいただけると自分で深く掘り下げられると考えていますので、コメントをお寄せいただけますと幸いです。
よろしくお願いします。

5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。