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(無題) 削除/引用 No.7857-5 - 2019/05/09 (木) 16:47:53 - AU ema 様 ありがとうございます。 いくつか、教本も買おうと思っていたので、検討したい思います。

教本 削除/引用 No.7857-4 - 2019/05/07 (火) 20:48:02 - ema 解析の初心者でしたら「次世代シークエンサーＤＲＹ解析教本」岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構生体情報解析部門清水 厚志さん：はお勧めです。 Macで解析となります。「生命科学分野じゃない奥さんにさせてみて解析が出来た」とあり詳細まで書いています。

(無題) 削除/引用 No.7857-3 - 2019/05/07 (火) 09:33:09 - AU 橘 さま お返事ありがとうございます。 >(直接利用せずにWindowsマシンからリモート接続して使用) というのは、彼のおすすめと同じです。 彼のPCは、そんなにハイスペックではなくメモリは支給品の8GB、施設の地下にあるUNIXに高負荷なものはやらせてるらしく、壊れるし壊れたら面倒だから彼は自分でハイスペックマシンは用意したくないと、使えるスパコン探した方が良いとのことだけど…。 データは、バックアップもかねて施設のファイルサービスに保存、Dropbox的なものに入れてるらしく、そこから直接UNIX機に送ってるらしい、Linux、Windows、MAC間は、Dropboxがおすすめだと、家に持ち帰るものもDropboxに入れてると、彼と違い人サンプルのは、Dropboxに入れられないけど・・・。 WSLで、練習はできるとのことなので、とりあえず、それで練習してみようと思います

(無題) 削除/引用 No.7857-2 - 2019/05/07 (火) 08:49:58 - 橘 WSLはストレージ(SSD/HDD)へのアクセスが遅いため、ストレージアクセスが頻繁に生じる解析では、ネイティブのLinuxに比べて大幅に遅くなります。 ただ、練習用には悪くない環境です(本番と速度・容量以外全く同じ環境が用意できる)。 本番用には、私の場合は作業用SSD(1〜2TB)、データ置き場用HDD(4TB以上を2台でミラーリング)、OSインストール用SSD(256〜512GB)とスワップ用SSD(256〜1TB。ただし数年で壊れるのを覚悟しておく)を載せてLinuxをインストールしています(直接利用せずにWindowsマシンからリモート接続して使用)。 この構成とするためにMacは除外していますが、Macではだめなわけではありません。 ただ、macOSへのインストールがうまくいかないアプリもあるので、Linuxの方が苦労は少ないですね(GUIアプリは逆にmacOS専用がしばしばありますが)。 また、同じアプリでも、macOSで動作させるよりもLinuxで動作させる方が高速なことが多いです。 なお、RNAseqデータの解析であれば、デノボの場合は大容量メモリが必要です。 ゲノムサイズやデータサイズによりますが、最低でも128GBは載せてください。 既知ゲノムにマッピングするだけなら16GB以下でも問題ありません。 というわけで、私はLinuxをおすすめしますが、どちらにせよあとはやる気次第です。 Macの方がやる気が出るならMacでもいいですし、MacにLinuxインストールも可能です。 いずれにせよターミナルで作業することになるので、その勉強は必要ですね。 購入前にWSLでターミナル作業の勉強だけやってみてはどうでしょうか。 おすすめの本は「新しいLinuxの教科書」と「Dr. Bonoの生命科学データ解析」でしょうか。

Windows＋LinuxかMAC、RNAseq解析用 削除/引用 No.7857-1 - 2019/04/30 (火) 21:57:25 - AU NGS初心者というか、プログラミングのプの字も知らないのですが、 解析抜きならRNAseqを、安くできる環境となり、解析部分を自分で出来ないかと思っています。今は、隣のBioinformaticianが何でもやってくれるのですが、いつまでもお願いできないので 彼、曰く、MS-Officeを本業で使う都合で、UNIX互換機（Windows＋LinuxかMAC）も必要とのこと、だいたい同じ？だけどLinuxの方が情報多いからおすすめだけど、仮想環境やHDD分離は壊れると面倒だから、2台にしろとのこと、1台が良ければMACとのこと。 彼は、研究室ではWindows＋Linux、家ではMACとのこと、スパコンじゃないという状況もあるらしい。 Windoes Subsystem for Linux（WSL）というのあるけど、それで、どこまでできるかは知らないらしいです。 何回もPC買えるわけじゃないので、失敗したくないのですが、Windows＋LinuxかMACかWSL、どれがおすすめとかあるでしょうか？ MACは使ったことないのと割高な印象です、Linuxも使ったことないですが、

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