Bio Technical フォーラム

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リアルタイムPCRでのtechnical replicateについて トピック削除
No.7854-TOPIC - 2019/04/29 (月) 09:55:23 - rt-qpcr
平素よりお世話になっております

所属の非生物系研究室にて,mRNAの発現解析を目的としてリアルタイムPCR(RT-qPCR)を新たに導入したのですが,一点質問させて頂きたいことがありトピックを作らせて頂きました.

RT-qPCRで発現解析を行うためには,異なるサンプル調整から取得するデータ(biological replicate)と,同一サンプルから取得するデータ(technical replicate)が必要だと教わったのですが,

technical replicateは同一のサンプルをPCRプレート上の異なる3つのウェルで1度解析ししただけで,technical replicateと言えるのでしょうか.

現在,
1. 異なる3つのウェルで同一サンプルを解析
2. 1.で得たCt値の平均を代表値とする.
3. 1.および2.の解析を3回実施
4. 解析3回分の代表値の平均をbiologicalな1サンプルの代表値(n=1)とする
の手順で解析を行っているのですが,もし3.の手順が無駄であればコスト・時間の削減に繋げたいと考えています...

ターゲットにもよるのですが,基本的に解析を3回行ってもあまり結果は変わらず(結果の妥当性という観点からすればありがたいことなのですが)手順としてカットしてもよいのかどうか迷っています.

もし,ご存知の方がいらっしゃればご教授いただけますと幸いです
よろしくお願いいたします
 
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(無題) 削除/引用
No.7854-5 - 2019/04/30 (火) 06:10:41 - rt-qpcr
>>おお さん
アドバイスありがとうございます
今後も,結果の妥当性確保のため,何度か解析してみます!

>>腸管 さん
ご意見ありがとうございます
腸管は,technical replicateを現在実施されていないとのことでしたが,理由等あればご教授頂けると幸いです!

>>AP さん
大変丁寧なご指導頂きまして,誠にありがとうございます
理由から噛み砕いてご指導頂きありがとうございました!
再度,マニュアルを読み込み精進いたします
今後とも何卒よろしくお願いいたします

(無題) 削除/引用
No.7854-4 - 2019/04/29 (月) 12:25:37 - AP
いまあなたがやっておられるプロトコールは全くマニュアル通りでまっとうなものです。

>ターゲットにもよるのですが,基本的に解析を3回行ってもあまり結果は変わらず(結果の妥当性という観点からすればありがたいことなのですが)手順としてカットしてもよいのかどうか迷っています.

極端なばらつきがあった場合、手技上の過誤があったということがわかります。replicateが妥当な一致をしめせばその値は信頼に足るということがわかります。仮に一点しかとらなかったら、たまたまそれが手技上の過誤を含む外れ値だったとしてもわかりません。

そういう目的ですからtechnical replicateは同一プレート上で構わない、というか同一プレート上でやるべきものでしょう。

というようなことは、うちで使っているシステムのマニュアルに書いてあることの引き写しみたいなものなんですが。お使いのシステムの説明書、ちゃんと読み込んでますか? 手順だけしか伝えていない研究室の私家版簡易マニュアルや口伝で教わっただけでしたら、まず、マニュアルを読みましょう。

(無題) 削除/引用
No.7854-3 - 2019/04/29 (月) 12:11:18 - 腸管
バイオロジカルレプリケートは必須ですが、テクニカルレプリケートは今はしていません。

(無題) 削除/引用
No.7854-2 - 2019/04/29 (月) 12:09:27 - おお
>解析を3回行ってもあまり結果は変わらず(結果の妥当

をしめすためにやるのではないでしょうか?少なくとも2回やるべきでしょう

リアルタイムPCRでのtechnical replicateについて 削除/引用
No.7854-1 - 2019/04/29 (月) 09:55:23 - rt-qpcr
平素よりお世話になっております

所属の非生物系研究室にて,mRNAの発現解析を目的としてリアルタイムPCR(RT-qPCR)を新たに導入したのですが,一点質問させて頂きたいことがありトピックを作らせて頂きました.

RT-qPCRで発現解析を行うためには,異なるサンプル調整から取得するデータ(biological replicate)と,同一サンプルから取得するデータ(technical replicate)が必要だと教わったのですが,

technical replicateは同一のサンプルをPCRプレート上の異なる3つのウェルで1度解析ししただけで,technical replicateと言えるのでしょうか.

現在,
1. 異なる3つのウェルで同一サンプルを解析
2. 1.で得たCt値の平均を代表値とする.
3. 1.および2.の解析を3回実施
4. 解析3回分の代表値の平均をbiologicalな1サンプルの代表値(n=1)とする
の手順で解析を行っているのですが,もし3.の手順が無駄であればコスト・時間の削減に繋げたいと考えています...

ターゲットにもよるのですが,基本的に解析を3回行ってもあまり結果は変わらず(結果の妥当性という観点からすればありがたいことなのですが)手順としてカットしてもよいのかどうか迷っています.

もし,ご存知の方がいらっしゃればご教授いただけますと幸いです
よろしくお願いいたします

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