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(無題) 削除/引用 No.7833-8 - 2019/04/24 (水) 10:16:27 - 同業 買うべきじゃないですね。 一つはみなさんが書かれているようにお金の問題。ランニングコスト、あほほどかかります。 もう一つは解析記述の問題。自分で買うなら自分で解析されないとコスパが合いません。自分でデータ解析できますか？受託だとそこも丸投げ（かつ後で相談）もできます。

(無題) 削除/引用 No.7833-7 - 2019/04/23 (火) 22:17:20 - 橘 みなさんおっしゃっている通り自前でシーケンサを持つのはあまりおすすめではありません。 初期費用とランニングコストだけでなく、保守契約費用も考慮する必要があります。 なお、受託解析のメタゲノム解析6サンプル18万円というのは、DNA抽出やライブラリ調製はサービスに含まれているかや、保証データ量(または目安となるデータ量)をよく見てください。 ユーロフィンのメタ16S解析のことだと仮定すると、ライブラリ調製はサービスに含まれており、1サンプル当たり平均16〜18万リード。 おそらくMiSeq v3 600 cyclesキットに他の方のサンプルと相乗りで100サンプルくらい混ぜてのランだと思います。 自前のMiSeqでシーケンスする場合、6サンプル18万円の受託解析と同等量のデータでよければ100サンプル入れられます(正確にはインデックス付加作業の手間の都合上96サンプル)ので、28万円/96サンプル=0.29万円/1サンプル、6サンプルでは1.75万円になります(ただしシーケンスだけのコスト)。 MiSeq v3 600 cyclesキットは定価で約28万円ですが、普通は割引があるのでもう少し安くなります。

(無題) 削除/引用 No.7833-6 - 2019/04/20 (土) 14:20:14 - あかね NGSって覚えると、次にこんなこともやってみたいと必ずなります。 そのときに、手持ちのシーケンサーのスペックが足りなくて、結局外注することになると予想します。

(無題) 削除/引用 No.7833-5 - 2019/04/20 (土) 13:35:08 - AA MiseqとHiseqの性能差、なども考慮すべき点だと思います。 NGS企業には当然高性能機が導入されており、リード数などが異なります。 Miseqを自前で導入したはいいけれど、特定の解析はやはり出来ない、 という事態になると非常に損した感じがあると思います。

(無題) 削除/引用 No.7833-4 - 2019/04/20 (土) 02:07:47 - おお メリットが有るかどうかはご自身のプロジェクトの方向性を考えた上で結論を出すしかありませんが、皆さんのコメントに同意できることが多いです。 ただし研究室の大きな方向性として、そのような解析に大きく依存して研究を進めることによって研究の独自性を出すこともできます。そういった場合やはりルーティンにある程度の頻度でやること、使いこなせる人を常時維持して配置しておかないとうまくデーターの取得が回らないだろうと思います。たしか機械を使いこなせて、解析のサービスだけを依頼するような事もできると思いますがその点についてもどのようにするかも考慮しておく必要があるでしょう。またあなたの研究フィールドにおいて共同研究を増やして使用頻度を増やすような事も一つの方向性かもしれません。 最近のインパクトのある雑誌のデーターはBioinformatics のデーターをだして、ウエットのデーターで固めるというのが多いですからね。そういう研究グループが自身のラボでやっているか見てみるのもいいでしょう。そういう専門のコア施設を持っていてそういうところと共同研究していたりするケースも多いかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.7833-3 - 2019/04/19 (金) 19:30:17 - AP 自前で購入するのはおすすめできません。 プライベートラボにあってもたまにしか使わないですよね。 こういう機器って毎日でも、できれば連続的にでも動かすくらいじゃないと、ランニングコストも高くつくし、休止期間があると再立ち上げの手間がかかったり、動かさない期間に不具合が起こったりします。 受託業者や大学のファシリティーなんかだと、サンプルがあつまってきて効率的に運転できるから成り立ってるんです。 それに専門の技術者やオペレーターがいない状態で、使う研究者がそれぞれで自らやるような状況だと、スキルやノウハウの蓄積が見込めないので、データの質も落ちる可能性がある。データのプロセッシングのためのソフトウェアの操作も覚えなきゃならない（基本、Linuxでコマンド操作）。 購入するメリットがなんら見いだせない。 外注するに限りますね。 外注と次世代シークエンサでは費目の枠が違うという事情もありますが、シークエンサのための機器設備費より、外注費用をみこして消耗品費に予算を厚くしとくほうがいい。

絶対受託 削除/引用 No.7833-2 - 2019/04/19 (金) 19:06:53 - あかね 今どきシーケンサーを手元に置くメリットは殆どありません。 受託の方が安く、フレキシブルです。 シーケンサーは近くの大学や、NGS企業にありふれてます。

次世代シーケンサー　受託で頼むか自分で買うか 削除/引用 No.7833-1 - 2019/04/19 (金) 18:57:17 - Gさん 現在、遺伝子発現解析やメタゲノム解析を目的に、次世代シーケンサー導入したいと考えています。 幸いなことにMiseqくらいであれば購入できる予算があり、当初は本体含むシステムを導入しようと考えました。 一方、受託解析の価格を見るとメタゲノム解析であれば6サンプルで18万円、遺伝子解析なら1サンプル15万円ほどでできるではありませんか！受託はもっとずっと高額な印象でした。 本体販売元に確認すると、メタゲノムなら1回あたり28万円、遺伝子解析なら1回あたり15万円ほどの試薬が必要になるとのことでした。 次世代シーケンスについてほとんど何も知らないため、本体を購入するメリットがわかりません…。本当に初歩的な質問になりますが、次世代シーケンサー本体を導入するメリットはあるのでしょうか。

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