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(無題) 削除/引用 No.7829-5 - 2019/04/24 (水) 17:54:22 - ChIP おおさん お返事頂いたのに遅くなりまして申し訳ありません。 ChIP-qPCRで結合を見る際、結局はIgGに対してanti-XXXで有意に数値が上がっているか、で議論して良いのでしょうか？下記データから、結合していると言ってもいいのでしょうか？ ＜ポジコン＞（数値はパーセントInput） IgG/Control 0.005 anti-XXX/Control 0.05 IgG/薬物処置 0.0087 anti-XXX/薬物処置 0.30 ＜ネガコン＞ IgG/Control 0.0075 anti-XXX/Control 0.041 IgG/薬物処置 0.010 anti-XXX/薬物処置 0.053 ＜転写因子XXXが結合する可能性があるプロモーター領域＞ IgG/Control 0.009 anti-XXX/Control 0.044 IgG/薬物処置 0.011 anti-XXX/薬物処置0.057

(無題) 削除/引用 No.7829-4 - 2019/04/19 (金) 06:10:40 - おお >ネガコン、ポジコン、結合する可能性のあるプロモーター領域のqPCRのパーセントインプットの値は比較できるのでしょうか？ 確かに直接比較はしにくいと思います。差がドラスティックであればあり得るのかもしれませんけど。例えば１００％結合していたとしてそれぞれの領域の回収率が同じぐらいになるのかという点で見えないところがありますから。それぞれのanti-XXX/Controlに対して有意に上がっているかどうかをみて間接的に比較するといいのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.7829-3 - 2019/04/18 (木) 04:57:21 - ChIP おお様 数値間違ってました。パーセントInputの値を下に再度書きました。 おっしゃる通りです。ポジコンは転写因子が薬剤処置で結合が増加することが知られているものです。 ＜ポジコン＞（数値はパーセントInput） IgG/Control 0.005 anti-XXX/Control 0.05 IgG/薬物処置 0.0087 anti-XXX/薬物処置 0.30 ＜ネガコン＞ IgG/Control 0.0075 anti-XXX/Control 0.041 IgG/薬物処置 0.010 anti-XXX/薬物処置 0.053 ＜転写因子XXXが結合する可能性があるプロモーター領域＞ IgG/Control 0.009 anti-XXX/Control 0.044 IgG/薬物処置 0.011 anti-XXX/薬物処置0.057 この数値を見る際、ネガコン、ポジコン、結合する可能性のあるプロモーター領域のqPCRのパーセントインプットの値は比較できるのでしょうか？ それぞれのプライマーで行ったqPCRの実験内でのみ比較可能という考えでよろしいのでしょうか？（ネガコンのIgG/ControlとIgG/薬物処置は比較できるが、ネガコンのanti-XXX/薬物処置とポジコンのanti-XXX/薬物処置 の値は比較できない？） コメントいただいた通り、ネガコンの値が高いのでプライマーを論文で探して再度qPCRを行おうかと思います。ちなみに細胞はマウスのものです。ユニバーサルに使える（どの転写因子とも結合しないと考えられている）ようなネガコンなどありましたら教えていただけると助かります。 色々コメントいただいたのに、再度質問する形となり申し訳ございません。

(無題) 削除/引用 No.7829-2 - 2019/04/18 (木) 04:37:01 - おお 0.00045とかなんの数字ですか？インプットに対してどれくらいの割合だったかということですか（qPCRの定量性が担保されているとして）？ プロモーター領域とはあなたが調べたい対象の遺伝子のプロモーターで。ポジコンは既知のその薬剤で変化すると思うプロモーター、ネガコンはおそらくあなたの転写因子がつかないであろう領域ということですか？ 全体的に見るとIgGでの値が0.00045から 0.0031なのでこの範囲での変動は起こり得るとみると、anti-XXX/薬物 0.0089はまあ数字だけで判断すると上がっているといえるでしょう。ネガコンが全体的に値が大きいし違う場所を探したほうがいいかもしれませんよ。

ChIP-qPCRのデータについて 削除/引用 No.7829-1 - 2019/04/18 (木) 03:20:27 - ChIP ChIPを行う際、転写因子XXXのポジコン、ネガコンとプロモーターへの結合をChIP-qPCRで確認したところ以下の結果となりました。 ＜ポジコン＞ IgG/Control 0.00045 anti-XXX/Control 0.0091 IgG/薬物0.00064 anti-XXX/薬物 0.018 ＜ネガコン＞ IgG/Control 0.002 anti-XXX/Control 0.006 IgG/薬物 0.0009 anti-XXX/薬物 0.005 ＜プロモーター領域＞ IgG/Control 0.0031 anti-XXX/Control 0.0021 IgG/薬物 0.0016 anti-XXX/薬物 0.0089 ネガコンのanti-XXX/薬物 0.005 ポジコンのanti-XXX/薬物 0.018 プロモーター領域 anti-XXX/薬物 0.0089ですが、 ポジコン、ネガコン、プロモーター領域のプライマーは当然それぞれ異なるので両者は比較できないと考えてよいのでしょうか？ ChIP-qPCRのデータの見方として、IgGとの比較だけで結合しているか否かを言えるのでしょうか？？ 例えばプロモーター領域の IgG/薬物 0.0016 anti-XXX/薬物 0.0089 を比べるとanti-XXX > IgGなので結合している。 一方、コントロール処置では IgG/Control 0.0031 anti-XXX/Control 0.0021 となっており、 コントロール処置ではほとんど変わらない。よって薬物処置で転写因子XXXのプロモーターへの結合が増加している、このように考えてもいいのでしょうか？ 説明が下手ですが、よろしくお願いします。

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