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プロモーターの表記：転写開始点から？それともATG?？ トピック削除
No.7812-TOPIC - 2019/04/09 (火) 19:43:15 - TSS
p53の結合配列が、あるプロモーター上に存在するという論文を見て、疑問に思ったので質問させてください。

Figureには

-734 ------------- p53 binding site ---------ATG------- +64

と表記されていました。

自分の記憶が正しければプロモーターのマイナス、プラスの表記はATGのAを基準にするのではなく、
TSS（転写開始点）を基準に、その上流をマイナス、下流をプラスと表記すると思っていたのですが、私の認識違いでしょうか？

また、その遺伝子のプロモーター配列をDBTSSサイトから入手したのですが、論文中に記載されている塩基配列がヒットしませんでした。

DBTSSのウェブサイトが間違っているのか、
もしくは論文中のデータ？表記ミス？？なのかわかりませんが解釈に困っております。

うまく説明できてないかもしれませんがよろしくお願いします。
　
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(無題) 削除/引用
No.7812-7 - 2019/04/10 (水) 16:08:16 - AA
プロモーターアッセイをするときに、元々のATG以後を含んだ形で実験するケースでは、
ATGを基準に-XXX~+YYYまでという標記になっているのを見たことあります。
(human GFAP promoterなど)

本来は転写開始点を1とするのかもしれないですが、
いざクローニングしようと思ったときにATGのほうが参照しやすい気はしますね。

(無題) 削除/引用
No.7812-6 - 2019/04/10 (水) 12:36:18 - seventh
厳密な言い方ではないですが、転写、翻訳にかかわりそうな配列を含む上流領域という意味でプロモーターという単語をつかう場合はあります。
あなたの目的はわからないですが、基準位置の指定さえしっかりしていれば問題ないのではないですか？

(無題) 削除/引用
No.7812-5 - 2019/04/10 (水) 09:56:10 - AP
その時々で、文脈から判断するものだと思います。

そもそも転写開始点は配列から読み取れるものではなく実験的に明らかにする必要があります。しかも特定の一点ではなく多かれ少なかれ前後にゆらぎがあるのも普通です。

実験的にすべての遺伝子の転写開始点をアサインするというのは、少なくとも現時点では無理です。ゲノム配列から予測的に遺伝子をアノテーションするときは遺伝子の開始を開始コドンの一塩基目とし、それを塩基番号1とするものです。だｋら、そういうナンバリングがされていても全然違和感ない。

(無題) 削除/引用
No.7812-4 - 2019/04/10 (水) 06:32:35 - TSS
ssssさん

私もそう思ってます。



おおさん

NM_000000のように数値をNCBIで調べて入植しました。DBTSSで入力後に遺伝子候補もそのプロモーターの遺伝子であることを確認しました。
論文で示されてるp53結合配列自体が間違っている？のか、論文に書かれているプロモーターが実はプロモーターではないのか？とも思ったり結局わからずじまいです。。。

(無題) 削除/引用
No.7812-3 - 2019/04/10 (水) 06:18:57 - おお
>TSS（転写開始点）を基準に、その上流をマイナス、下流をプラスと表記する
そうだとは思いますが、絶対的とまでは言えないと思います。

>DBTSSのウェブサイトが間違っているのか
網羅的な実験によるもののようなのでもれもあるかもしれません。どのようにして検索したのですか？遺伝子名ですか？

(無題) 削除/引用
No.7812-2 - 2019/04/09 (火) 21:26:29 - ssss
基本的には転写開始点の塩基を+1と表記すると認識しています。

プロモーターの表記：転写開始点から？それともATG?？ 削除/引用
No.7812-1 - 2019/04/09 (火) 19:43:15 - TSS
p53の結合配列が、あるプロモーター上に存在するという論文を見て、疑問に思ったので質問させてください。

Figureには

-734 ------------- p53 binding site ---------ATG------- +64

と表記されていました。

自分の記憶が正しければプロモーターのマイナス、プラスの表記はATGのAを基準にするのではなく、
TSS（転写開始点）を基準に、その上流をマイナス、下流をプラスと表記すると思っていたのですが、私の認識違いでしょうか？

また、その遺伝子のプロモーター配列をDBTSSサイトから入手したのですが、論文中に記載されている塩基配列がヒットしませんでした。

DBTSSのウェブサイトが間違っているのか、
もしくは論文中のデータ？表記ミス？？なのかわかりませんが解釈に困っております。

うまく説明できてないかもしれませんがよろしくお願いします。
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