Bio Technical フォーラム

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バイサルファイトシークエンスについて トピック削除
No.7760-TOPIC - 2019/03/13 (水) 11:51:57 - 学生君
卒論研究でバイサルファイトシークエンスを行っているものです。

バイサルファイトシークエンスはCpG領域をEMBOSSにより検索し、
Methprimerでプライマー設計を行っています。

先生が設計してくださったプライマーなので、元の目的CpG領域の配列を聞いたところ自分で調べてみよう、と宿題を出されました。

目的のDNAとバイサルファイトシークエンスのプライマー配列はわかっているのですが、どうしても同じプライマーが設計できません。
BLASTのようにバイサルファイトシークエンスでもプライマーから目的の領域を導き出す方法をご存知での方はいないでしょうか?
いらっしゃったらぜひご教授ください。
よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.7760-2 - 2019/03/13 (水) 14:22:42 - おお
要するにCのところがTになっていてブラストでかからないって事ですか?ならなGのまえのTを見つけてCに変えて検索してみたらどうでしょうか?

Primer blastならかかりやすいんじゃないかな。

バイサルファイトシークエンスについて 削除/引用
No.7760-1 - 2019/03/13 (水) 11:51:57 - 学生君
卒論研究でバイサルファイトシークエンスを行っているものです。

バイサルファイトシークエンスはCpG領域をEMBOSSにより検索し、
Methprimerでプライマー設計を行っています。

先生が設計してくださったプライマーなので、元の目的CpG領域の配列を聞いたところ自分で調べてみよう、と宿題を出されました。

目的のDNAとバイサルファイトシークエンスのプライマー配列はわかっているのですが、どうしても同じプライマーが設計できません。
BLASTのようにバイサルファイトシークエンスでもプライマーから目的の領域を導き出す方法をご存知での方はいないでしょうか?
いらっしゃったらぜひご教授ください。
よろしくお願いします。

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