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排他的か否かの検定 トピック削除
No.7700-TOPIC - 2019/02/18 (月) 12:38:46 - エスモ
遺伝子AとBの変異が排他的か否かを検定する統計的手法は存在しますでしょうか。
 
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No.7700-6 - 2019/02/18 (月) 22:55:05 - エスモ
ご返信ありがとうございます。
文章が不足していたかもしれません。
患者さん100人対して調べました。

(無題) 削除/引用
No.7700-5 - 2019/02/18 (月) 21:46:43 - 橘
チェッカーボード指数(C-score)を用いた検定で可能。
以下の論文を参照。
https://doi.org/10.1098/rsif.2015.1097

データ構造を破壊する無作為化を行ったデータでC-scoreを計算することを何度も繰り返すことでC-scoreの帰無分布が得られる。帰無分布と元のデータのC-scoreを比較することでC-scoreが有意に高いかどうかがわかる。
C-scoreは排他性指数なので、有意に高いなら排他的とみなせる。

(無題) 削除/引用
No.7700-4 - 2019/02/18 (月) 14:54:05 - fisher
フィッシャーの正確確率検定で行けるんじゃないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.7700-3 - 2019/02/18 (月) 14:37:00 - AP
統計学的というか遺伝学的には連鎖平衡であることを示せばいいのでは。
アリル頻度と、その両方を持つ個体の頻度から計算できる。

(無題) 削除/引用
No.7700-2 - 2019/02/18 (月) 12:58:44 - おお
遺伝子Aの正常グループにおいてB遺伝子の変異がEnrichmentしているか、遺伝子Bの正常グループにおいてA遺伝子の変異がEnrichmentしているかを見ればある程度は示唆的かと思いますが。

排他的か否かの検定 削除/引用
No.7700-1 - 2019/02/18 (月) 12:38:46 - エスモ
遺伝子AとBの変異が排他的か否かを検定する統計的手法は存在しますでしょうか。

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