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ゲノムへのノックイン時のプラスミドについて。 トピック削除
No.7663-TOPIC - 2019/02/07 (木) 03:58:53 - ノックイン
いつも勉強させてもらっています。

今、とあるヒト培養細胞株の遺伝子にタグを挿入したいのですが、その手段としてCRISPR-Cas9+相同組換えを利用して導入したいです。

その際、一本鎖DNAではなく、タグ配列+相同配列を持った配列をプラスミドにまずクローニングし、それをテンプレートとして細胞に導入する計画です。

この時のプラスミドについて質問させてください。

この場合はテンプレートとして用いるだけなので、私がきちんと理解しているのなら、必ずしも哺乳動物発言ベクター(pcDNA3など)にクローニングしなくてもいいのかなと思うのですが、その理解で正しいでしょうか?

全く経験がありませんで、ご教示いただけますと幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.7663-4 - 2019/02/07 (木) 10:27:07 - 独り言
なんでもよいはずです。細胞に悪影響ない配列であれば。

むしろ、必要な領域だけをPCRで増幅した直鎖DNAでもよいはずです。

(無題) 削除/引用
No.7663-3 - 2019/02/07 (木) 05:57:30 - おお
相同組換えに基本的には相同性のあるDNAが必要でmRNAなどを発現させる必要はないです。
こちらの論文ではpMAという哺乳類の発現系を有してないベクターを使っているようです。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2162253117302226#mmc1

とはいっても現在この方法論はいろいろな改良がなされたりして多岐にわたっていると思われるので、使おうと思っている実験系のプロトコールをよく読んだうえで、わからなければプロトコールを書いた文献などを示して質問すればいいかと思います。

(無題) 削除/引用
No.7663-2 - 2019/02/07 (木) 04:07:58 - ノックイン
すみません。肝心の質問ですが、

哺乳動物発現ベクター(pcDNA3など)をテンプレートのベクターに用いたほうがいいのか、それともpUC19やpUC57、TAベクターなどのクローニングベクターに用いたほうがいいのかどちらがいいでしょうか?

後者のほうがサイズ的には小さそうですが...

ゲノムへのノックイン時のプラスミドについて。 削除/引用
No.7663-1 - 2019/02/07 (木) 03:58:53 - ノックイン
いつも勉強させてもらっています。

今、とあるヒト培養細胞株の遺伝子にタグを挿入したいのですが、その手段としてCRISPR-Cas9+相同組換えを利用して導入したいです。

その際、一本鎖DNAではなく、タグ配列+相同配列を持った配列をプラスミドにまずクローニングし、それをテンプレートとして細胞に導入する計画です。

この時のプラスミドについて質問させてください。

この場合はテンプレートとして用いるだけなので、私がきちんと理解しているのなら、必ずしも哺乳動物発言ベクター(pcDNA3など)にクローニングしなくてもいいのかなと思うのですが、その理解で正しいでしょうか?

全く経験がありませんで、ご教示いただけますと幸いです。

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