Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

糖鎖の同定・構造解析について トピック削除
No.764-TOPIC - 2012/07/18 (水) 21:56:19 - Anris
MALDI-TOF MSで糖鎖の同定や構造解析に関して質問させていただきます。私自身は実際に、MALDI-TOF MSを使って解析した事はありません。MALDI-TOF MSで得られたデータの解析は、みなさん機器付属の解析ソフトを用いているのでしょうか、他のソフトを使っているのでしょうか?例えば、所属する研究棟にある島津のMALDI-QITTOF MS AXIMA Resonanceだと、付属ソフトのLaunchPadに解析用にクライアント2、同定用に検索ソフトウェア2というソフトが組み込まれているようです。他のどの質量分析器でも構いませんが、付属のソフトを使わず、他の商用ソフトや自作ソフト?もしくは自分でどうにか(やり方は全く想像もできませんが)解析・同定している人はいらっしゃいますでしょうか?その場合、付属製品を使わない理由はどういったものでしょうか?推測してみると、@単純に使いづらい、A使い慣れた他のソフトを持っている、B他のソフトで使い方を知っている人が身近にいる、C付属ソフトだと解析能力が物足りない、などが思い浮かびますが、実際どうでしょうか。検討した事があったり、実際に使い比べた事がある方いらしましたら、ご経験お教えください。よろしくお願いします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



8件 ( 1 〜 8 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 解決済み 削除/引用
No.764-8 - 2012/07/24 (火) 10:47:07 - anris
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.764-7 - 2012/07/19 (木) 15:20:48 - ンンノ
まぁ 質問の意図は良くわかりませんが、糖鎖のMS解析は標準試料のデータと
突き合わせないと(ほぼ)出来ないと聞いたことがあります。
聞いたことがあるだけですが、参考になれば。

あなたの立ち位置は? 削除/引用
No.764-6 - 2012/07/19 (木) 15:10:02 - ~
講習券があり、あなたがその装置のオペレーターとしてラボ内で認識されているのでしたら、早めに講習を受けてしまってはいかがでしょうか。
分析対象が何であれ、どのみち標準ソフトの使い方は覚えることが要求されるでしょうから、あえて最初から標準ソフト以外の解析法を選択するメリットがないと思います。
(私は優先順位が低くて、チケットがまわりませんでした)

ラボで糖鎖分析専用として購入したのではなさそうですよね。
そうであれば、まずは汎用の分析装置として立ち上げておくのがいいと思います。
あなたがわかりやすい分析操作マニュアルを作れば、他の人がわざわざ他のソフトを探す必要がなくなるでしょう。

(無題) 削除/引用
No.764-5 - 2012/07/19 (木) 14:26:00 - Anris
Harmoniaさん、コメントありがとうございます。
質量分析にについて、勉強する必要が生じたので質問させていただきました。質問した理由は、所属研究室ではDNAシーケンサーの場合、出力されたデータを付属のソフトでなく商用のソフトで解析していたので、質量分析でも付属ソフトを敢て使わない人もいるのかなと疑問に思ったからです。私の場合シーケンサーでは、先輩が使っていてすぐ教えてもらえたので、そのまま商用ソフトを使っています。実際、使い比べて使いやすいのがいいのかなと思いますが。。。

qqさん、コメントありがとうございます。
www.ms-utils.org/wiki/pmwiki.php/Main/SoftwareList、覗いてみます!
mMassについても調べてみますがハードルが高いのですね(汗

~ さん、コメントありがとうございます。
恥ずかしながら、Cnvファイル自体知りませんでした。
所属研究室でも、MALDI-QITTOF MS AXIMA Resonanceの講習(出張講義?)券みたいのがあって、それを使えば教えてもらえるそうですが、まだ実際に使うか全く未定なので、控えています。
もう少し、質量分析器自体の概要を勉強してから質問したいと思います。

違うMSでですが 削除/引用
No.764-4 - 2012/07/19 (木) 10:01:13 - ~
データをCnvファイルに出力して、エクセルで解析しています。
理由は、解析ソフトの講習会をちゃんと受けていないからです。

と答えたら、何が起きるんですか?

(無題) 削除/引用
No.764-3 - 2012/07/19 (木) 09:10:37 - qq
以下を覗いてみられるといかがでしょう?
www.ms-utils.org/wiki/pmwiki.php/Main/SoftwareList
使えるようになるまでは、ハードルが数段あります。
私はPMFでmMassをつかいます。

(無題) 削除/引用
No.764-2 - 2012/07/19 (木) 08:05:45 - Harmonia
あなたがこの質問をした理由は何でしょうか?
計測機器付属の解析ソフトウエアがあることを知っているにもかかわらず、
質問をしたのですから、なんらか理由がありますよね?

糖鎖の同定・構造解析について 削除/引用
No.764-1 - 2012/07/18 (水) 21:56:19 - Anris
MALDI-TOF MSで糖鎖の同定や構造解析に関して質問させていただきます。私自身は実際に、MALDI-TOF MSを使って解析した事はありません。MALDI-TOF MSで得られたデータの解析は、みなさん機器付属の解析ソフトを用いているのでしょうか、他のソフトを使っているのでしょうか?例えば、所属する研究棟にある島津のMALDI-QITTOF MS AXIMA Resonanceだと、付属ソフトのLaunchPadに解析用にクライアント2、同定用に検索ソフトウェア2というソフトが組み込まれているようです。他のどの質量分析器でも構いませんが、付属のソフトを使わず、他の商用ソフトや自作ソフト?もしくは自分でどうにか(やり方は全く想像もできませんが)解析・同定している人はいらっしゃいますでしょうか?その場合、付属製品を使わない理由はどういったものでしょうか?推測してみると、@単純に使いづらい、A使い慣れた他のソフトを持っている、B他のソフトで使い方を知っている人が身近にいる、C付属ソフトだと解析能力が物足りない、などが思い浮かびますが、実際どうでしょうか。検討した事があったり、実際に使い比べた事がある方いらしましたら、ご経験お教えください。よろしくお願いします。

8件 ( 1 〜 8 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。