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透明、ゼリー状、無数のサテライトコロニーが生えました トピック削除
No.7612-TOPIC - 2019/01/26 (土) 12:19:26 - こんたみん
お世話になります。

本質とずれるかもしれませんが、もしよろしければ教えてください。

プラスミド(amp耐性)を制限酵素処理し、PCR法で得た外来のDNAを組み込む実験を行いました。

DH5αに形質転換し、SOC培地で1h回復培養、LB/Ampプレートに播種しました。

翌日プレートを見てみると、直径1mmほどの白いコロニーが数個と、プレート一面に直径1mmほどの透明でゼリー状のコロニーが無数に生じました。

白いコロニーは amp耐性プレートに植え次ぐことができ、目的のインサートを持ったコロニーであることが後日コロニーPCRとシーケンスで確認できました。

対して、透明のコロニーはコロニーPCRでバンドが生じず、amp耐性プレートに植え次ぐことができないことから、サテライトコロニーと考えました。



しかし、今までに見てきたサテライトコロニーと明らかに形状(色、形)が異なります。

(サテライトは目的コロニーの周りに、さらに小さなツブツブだと思います。今回は目的コロニーがない場所にも、つまり、プレート全体に透明、ゼリー状のツブツブです。大腸菌のコロニーのように少し隆起しています)



何かのコンタミネーションかと思うのですが、何だと考えられますでしょうか。

もしよろしければアドバイスいただけましたら幸いです。

(なお、プレートは滅菌してしまいました)
 
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(無題) 削除/引用
No.7612-7 - 2019/01/28 (月) 10:28:17 - さくさく
使う前にプレートをちゃんと乾かしたでしょうか。コンタミが怖いからとフタを閉めたまま冷却して固めてすぐに使ったりすると、培養中に水分がでるのが原因なのか、まれに全面にでてきます。菌液を培地によく吸わせないままにフタをしめて培養しても出ることがあります。あとは培地をひっくり返さずに培養して、フタについた水分が落ちて、とか。
新人さんにたまにありますので、これかなぁと推察します。

(無題) 削除/引用
No.7612-6 - 2019/01/26 (土) 23:57:06 - Tracker
多分気泡だと思います。

(無題) 削除/引用
No.7612-5 - 2019/01/26 (土) 22:58:30 - 中年
うちでは人(新人)によってコンタミのコロニーの形状が異なることはままあるので、その人の常在菌か持ち込む菌なのだと思っています。

(無題) 削除/引用
No.7612-4 - 2019/01/26 (土) 22:05:15 - おお
なんかごくまれに経験したかもしれない。まあコロニーの形状が違って大腸菌とは違うと判断できるなら、コンタミかと思うがそれ以上は追求することはあまりないので、どんな菌だとか言えるわけでもない、、、

微生物全般を扱っている人だと、コロニーのでかたで大体どんな菌種か推測できるかもしれないけど。

それか大腸菌撒くときにプレート削っちゃったかな、、、それなら気がつきそうなのでちがうか、、、

(無題) 削除/引用
No.7612-3 - 2019/01/26 (土) 14:41:28 - べんぺん
ペンペンです。

最後の一文が理解できませんが、おそらく研究を始めて間も無い方かなと推察します。

おそらくLBアガーを滅菌後、かなり冷ました状態でプレートに注いだのでは?
そうすると既に固化が始まっているため、めっちゃシェイクしませんでした?
その時の気泡がそのまま消えずプレートが出来上がったんじゃ無いでしょうか?

まだ未使用のプレートはありますか?なら見てみてください。たぶんブツブツがあるのではないかと。同じことがひと月前、新人さんに起こりましたので。

ぺんぺんからは以上です。

(無題) 削除/引用
No.7612-2 - 2019/01/26 (土) 13:10:15 - 部下
本物は一通り(大腸菌)、コンタミは無限通り

透明、ゼリー状、無数のサテライトコロニーが生えました 削除/引用
No.7612-1 - 2019/01/26 (土) 12:19:26 - こんたみん
お世話になります。

本質とずれるかもしれませんが、もしよろしければ教えてください。

プラスミド(amp耐性)を制限酵素処理し、PCR法で得た外来のDNAを組み込む実験を行いました。

DH5αに形質転換し、SOC培地で1h回復培養、LB/Ampプレートに播種しました。

翌日プレートを見てみると、直径1mmほどの白いコロニーが数個と、プレート一面に直径1mmほどの透明でゼリー状のコロニーが無数に生じました。

白いコロニーは amp耐性プレートに植え次ぐことができ、目的のインサートを持ったコロニーであることが後日コロニーPCRとシーケンスで確認できました。

対して、透明のコロニーはコロニーPCRでバンドが生じず、amp耐性プレートに植え次ぐことができないことから、サテライトコロニーと考えました。



しかし、今までに見てきたサテライトコロニーと明らかに形状(色、形)が異なります。

(サテライトは目的コロニーの周りに、さらに小さなツブツブだと思います。今回は目的コロニーがない場所にも、つまり、プレート全体に透明、ゼリー状のツブツブです。大腸菌のコロニーのように少し隆起しています)



何かのコンタミネーションかと思うのですが、何だと考えられますでしょうか。

もしよろしければアドバイスいただけましたら幸いです。

(なお、プレートは滅菌してしまいました)

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