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(無題) 削除/引用 No.7578-17 - 2019/01/21 (月) 14:40:26 - SYBR master たしか去年の10月くらいに、日本テクノサービス という会社が、昨年NEDOと神戸大との共同で、200 mer塩基からなるDNA96本を、従来の半分以下の時間と10分の1のコストで一括合成できる合成機を開発したと、プレスリリースしていました。 たぶんNEDOのHPにもプレスリリースが有ると思います。 日本テクノサービス は合成オリゴの受注も、子会社のつくばオリゴサービスで受け付けていますが、今回の200 mer塩基の受注を受け付けているかどうかは知らないです。

(無題) 削除/引用 No.7578-16 - 2019/01/21 (月) 11:59:48 - rihu ありがとうございます。 すいません、言い忘れましたが 200-merを超える場合には それほど正確である必要はなく N-8くらいまでなら不完全長のものが混ざっても問題ありません。 それで取扱のある業者をご存じでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.7578-15 - 2019/01/21 (月) 11:40:37 - AP 二本鎖で作って、それを鋳型に酵素的に一本鎖を合成するんじゃだめ？ Asynmetric PCRとか。

(無題) 削除/引用 No.7578-14 - 2019/01/21 (月) 11:19:02 - AA 200merを超えると正確性が保証できないのでどこも受け付けてくれないと思います。 長いものを作製したいのであれば、PCRで作って片側鎖を消化してしまうのがいいと思います。 片方だけリン酸化しておいてlamda endonucleaseで処理するなどの方法があります。

(無題) 削除/引用 No.7578-13 - 2019/01/21 (月) 10:48:07 - asan 昔、地方のマイナーなところにプライマー合成を依頼してたラボにいた話では基本的に150merを超えたから絶対に合成できないというものでもないので、結局は配列にもよるとのことでした。 ただし、エラーが増えるのと反応が進まなくなるので150merまでしか保証しませんよ、という形で請け負っていました。ただ、200merとかになるとさすがにどこまで信用していいかはわかりませんね。 用途によっては合成DNAで二本鎖を作ってしまうとか、上で言われてるようにprimer同士でPCRをかけて利用すればいいと思います。CRISPRのHDRのテンプレートの場合は、PAGE精製は不要みたいですが、普通に150-200merのIDTのものを使用してる論文が多いと思います。この場合は一本鎖の方が良さそうですね。

(無題) 削除/引用 No.7578-12 - 2019/01/21 (月) 10:43:34 - rihu 2本鎖ではなく1本鎖である必要があります あとライゲーションは100%ではないので、使うことができません。 ところで、 小出しで質問してしまい申し訳ありませんが、 201-mer以上のオリゴDNAを扱っている業者でお勧めはありますか？ IDTは200-merまでしか取り扱っていません。

(無題) 削除/引用 No.7578-11 - 2019/01/21 (月) 08:46:28 - ななしん 二本鎖ＤＮＡで良いのですよね。 羊土社の「あなたのタンパク精製大丈夫ですか」という本に 複数のプライマーをＰＣＲで１本（二本鎖ＤＮＡ）にする方法が紹介されています。 15塩基ほどの相同領域を持たせた60塩基のプライマー二本をPCRで１本にしてＴＡクローニング　→　シーケンス　という方法は自分でも行ったことがあります。

(無題) 削除/引用 No.7578-10 - 2019/01/21 (月) 01:12:52 - olg 使用用途にもよるし、手間もかかりますが、 分割して100塩基くらいまでの長さのものと短い相補鎖を用いて 二本のオリゴライゲーションを行い、つなげるのもアリではないでしょうか？ つなげた後はご自身でPAGE精製などをする必要がありますけれども、 160塩基以上のものを一気に合成するよりは 正確なものが得られやすいと思います。

(無題) 削除/引用 No.7578-9 - 2019/01/20 (日) 18:40:43 - rihu ありがとうございます。 北海道システムサイエンス 良さそうですね 国内産なので、納期が早くよさそうですね。 ただ気がかりはIDTに問い合わせしたのですが 200-mer程度の長いものになると かなり難航してくるので、何度も合成をし直さないとうまくいかないと言われました。 世界でもトップクラスのオリゴメーカーが難しいと言っているのに、 国内メーカーがそんなに短い納期で出せるということは純度が低いということを意味しているのでしょうか・・・？

(無題) 削除/引用 No.7578-8 - 2019/01/20 (日) 18:10:12 - ななしん 60塩基までのプライマーをIDTで愛用しています。 シンガポール合成ですが、月曜に注文して木曜午前に納品される感じです。 IDTはユーザー登録して、プライマーを注文すると 人工遺伝子のキャンペーンチラシ（特価コード）を付けてくれたと思います。 この特価コードを使うと安くなります。 今はわかりませんが、先月はそうでした。 （結局使いませんでしたが・・・IDTは取引できる代理店さんに指定があったと思います。この代理店さんに問い合わせてみてはいかがでしょうか）

(無題) 削除/引用 No.7578-7 - 2019/01/20 (日) 17:07:19 - AA 北海道システムサイエンスもいいですよ。 問い合わせると200bpくらいまで対応してくれます

(無題) 削除/引用 No.7578-6 - 2019/01/20 (日) 14:21:26 - あかね 長鎖オリゴは品質も大事です。 合成オリゴは長くなれば長くなるほど、合成エラーの頻度が多くなり、不完全なオリゴが増えてきます。 IDTは合成エラーを改善した合成方法をチョイスすることもできるので、気に入って使っています。 https://www.idtdna.com/pages/education/decoded/article/oligo-synthesis-why-idt-leads-the-oligo-industry 長いオリゴの精製は、HPLCではなくPAGE精製をオススメします。 HPLCは分画の解像度が低いため、長いオリゴには向いてないです。

(無題) 削除/引用 No.7578-5 - 2019/01/20 (日) 10:56:29 - rihu 皆さん、ご回答ありがとうございます。 やはり、IDTが良いのですね。 納期が三週間かかるので、もっと良い業者はないかと探していたのですが。 http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech3/biotechforum.cgi?mode=view;Code=3779 この質問ページによると FASMACを推している人が多いようです。 ただ、150 merまでしか合成できないようですが。 FASMACとIDTを比較して、 FASMACの方が納期は早いと思いますが 品質も同じくらいなのでしょうか？ あと、身近ではeurofinsを利用している人が多いのですが ここは長鎖になるとPAGEを選択できず HPLCしか選択できないため、 恐らく品質が劣ると思うのですが、 利用者が多い理由をご存じでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.7578-4 - 2019/01/20 (日) 07:11:01 - おお IDTに一票

(無題) 削除/引用 No.7578-3 - 2019/01/20 (日) 05:54:00 - ぺんぺん ペンペンです。 私もIDTにお願いしましたね。 クリスパーキャスでノックインするためのHDRテンプレとして。 ただIDTが最強かどうかは分かりかねるところです。 あかねちゃんは比較されたのでしょうかね。名前可愛いです。 納期は3週間ほどかかり、かなり待たされた印象です。

(無題) 削除/引用 No.7578-2 - 2019/01/19 (土) 21:52:32 - あかね IDT 最強

160塩基以上の長鎖オリゴDNAを合成可能な業者 削除/引用 No.7578-1 - 2019/01/19 (土) 19:27:55 - rihu 160塩基以上の長鎖オリゴDNAを合成可能な業者を探しています。 検索して調べたところ 以下の3社くらいしか見つかりませんでした。 filgen biologica IDT URLを貼りたかったのですが、 URLを貼ったまま投稿しようとすると、なぜかトピックが追加されませんでした・・・ できるだけ、 ・納期が早くて ・値段の安い ところが良いのですが、 どこが良いかご存じでしたらお教えください。

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