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(無題) 削除/引用 No.7516-5 - 2019/01/11 (金) 11:24:59 - ピスケ 様々な意見、ありがとうございます。 数が少ないので1つ1つ遺伝子の機能をcheckしているところです。 比較対象を変えてみる等、いろいろ行ってみます。

(無題) 削除/引用 No.7516-4 - 2018/12/27 (木) 12:07:26 - asan ノックアウト遺伝子の性質にもよるし、ノーマライズの仕方やcut-offの取り方（FDRとか多重検定のエラーの覗き方）にもよりますからなんとも言えませんよ。 極論言えば、RNAseqのデーター全体で個別分子に落とさずともGSEA等のノンパラの解析でシグニチャーを解析する場合はsignificanceが十分に出なくても有益な情報得られることもありますからね。 いずれにせよ個別解析するならば、20個のうちいくつに注目するかはともかくとして個別のバリデーションは取った方がいいでしょうね。

(無題) 削除/引用 No.7516-3 - 2018/12/26 (水) 08:18:57 - おお まあ、系も違うだろうしそれぐらいの違いがあっても驚かないですけど、、、 原因についてはマウスはStrainが統一されていてといいますが、それならヒトでクルードなサンプリングよりもバックグランドの変動が低く、検出力が上がりおおく検出されそうですけどね。 ま、何れにせよ系が違いますから。

(無題) 削除/引用 No.7516-2 - 2018/12/26 (水) 06:47:07 - tomo ケースバイケースでは。 遺伝子の重要性だったり、サンプル回収の時期などにももちろん影響受けるでしょうし。

マウスのRNA-Seqでの発現変動遺伝子の数 削除/引用 No.7516-1 - 2018/12/25 (火) 17:43:08 - ピスケ ある遺伝子のノックアウトマウスでRNA-Seqを行って cuffdiffによって発現変動遺伝子を調べました。 そこで発現変動遺伝子が20個ほど同定されました。 普段はヒトでRNA-Seqをしておりまして発現変動遺伝子が数百ほど出てくるのに対し 少ないなという印象で心配しております。 マウスはstrainがそろっているため 数はそんなものなのでしょうか。 ご経験のある方がいらっしゃいましたら 助言いただけますと幸いです。 よろしくお願い致します。

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