Bio Technical フォーラム

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コロP インサート　欠失 トピック削除
No.7515-TOPIC - 2018/12/25 (火) 15:42:27 - コロP仙人
インサート4000bp＋ベクター3400bp合計7.4kbpのプラスミドをエレクトロポレーション法によって、E. coli DH5αに導入した後、コロニーPCRによって、インサートを全てカバーするプライマーで50コロニーほど確認を行ったところ、ばらばらの位置にバンドが出てしまいました。
大腸菌で複製される際に、インサート部分が欠失することがあるのでしょうか？
　
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(無題) 削除/引用
No.7515-3 - 2018/12/26 (水) 08:14:36 - おお
結果論として、どれくらいの頻度かは置いといて、期待していないサイズのインサートがあることはまあまあ起こります。あまりにも目的のサイズと思われるものが少ない（ドミナントでない）ばあいはなにかその系でうまく行かない要因があるかもしれませんし、必要なものが取れてない可能性も疑いながら（結局は配列を読むなりしてきめるだろうけど）すすめたほうがいいです。

(無題) 削除/引用
No.7515-2 - 2018/12/26 (水) 06:44:42 - tomo
インサート4000bpのcPCRは聞いたことがないですね...

200-500bp程度にして、20-25サイクルくらい回せばあたりは出そうなものですが。

コロP インサート　欠失 削除/引用
No.7515-1 - 2018/12/25 (火) 15:42:27 - コロP仙人
インサート4000bp＋ベクター3400bp合計7.4kbpのプラスミドをエレクトロポレーション法によって、E. coli DH5αに導入した後、コロニーPCRによって、インサートを全てカバーするプライマーで50コロニーほど確認を行ったところ、ばらばらの位置にバンドが出てしまいました。
大腸菌で複製される際に、インサート部分が欠失することがあるのでしょうか？
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