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(無題) 削除/引用 No.751-13 - 2012/07/13 (金) 18:24:44 - Harmonia ご指名でお返事いただいたので、書きますが、 No.751-11 - 2012/07/13 (金) 11:32:35 - にちがうさんが書かれたとおりです。 あえて付け加えるなら、 不快な思いはしていません。

(無題) 削除/引用 No.751-12 - 2012/07/13 (金) 17:30:16 - amiたん ami改めamiたんです。 僕はmiRNA研究をしたことないけど、色々聞いた中で一つだけ言わせてください。 僕が伝えたmicroRNA.orgで興味ある遺伝子を制御しうるmiRNAを検索することができて嬉しいです。他の方がコメントされたように、その３つが本当に制御してるかはご自分で確かめる必要が有りますが、もう少しだけ、そのmicroRNA.orgを使って３つから絞り込みを行うことができます。 一般論では、miRNAは種間で標的が保存されている場合が多く、トピ主さんがどんな種で検索をかけたかは分かりませんが、他の種、例えばマウスやラットでも検索してみてください。 それでも３つのmiRNAのうちどれかがヒットすれば、少なくともその標的遺伝子の3'UTRは種間で保存されてる可能性が高く、artificialではありますが、そのmiRNAを強制発現させれば興味ある遺伝子の発現は低下する可能性は高いかもですね。 がんばってください。

(無題) 削除/引用 No.751-11 - 2012/07/13 (金) 11:32:35 - ちがう >専門外の初心者でも、他の研究者にアドバイスを頂けるサイトかと勘違いをしていました。 そういうサイトですよ。 勘違いしてはいけないのは、 指摘されているのはそこではなくて、単なる教えて君では 自分のためにならないのではということ。

amiさん、Hamoniaさん、ありがとうございました。 削除/引用 No.751-10 - 2012/07/13 (金) 11:15:37 - mir学生 　amiさん、貴重な情報をありがとうございました。 miRBaseなどは、miRNAから標的遺伝子を検索するサイトでしたが、microRNA.orgは標的遺伝子からmiRNAを検索できるのですね。おかげで候補となるmiRNAが３つ程あることが分かりました。 　ありがとうございました。 　Hamoniaさん、いろいろな御意見をありがとうございました。反省します。 　私はこのサイトの趣旨・実態もよく理解せず、専門外の初心者でも、他の研究者にアドバイスを頂けるサイトかと勘違いをしていました。 　申し訳ありませんでした。安易に参加したことを反省しています。 　私の所属する講座は化学がメインの研究室なため、遺伝子工学的な実験は教授と相談しながら、大学院生の私とマスターの学生２人で行っています。 　私のクローニングした遺伝子Aは、ある化合物の生合成に関わる遺伝子Bの発現調節に関わることが分かりました。そのメカニズムは、遺伝子BのmRNAの安定性に関わっており、遺伝子Bの3'UTRが関与していることも突き止めました。しかしながら遺伝子A、Bはともにあまり注目をされたことがない蛋白で、PubMedでも数編の論文があるだけで、その発現メカニズムは知られていません。 　そこで遺伝子Bの3'UTRに結合するmiRNAをスクリーニングし、そのmiRNAと遺伝子Aとの関連を検討する予定でした。 　しかし当教室にmiRNAに詳しい研究者はおらず困っていた時に、先輩からこのサイトを照会されました。おかげで、amiさんから貴重な情報を頂けたので、この3つのmiRNAを作成し、遺伝子BのmRNAに与える影響を検討しようと思っています。 　 　このサイトはきっと専門性の高いハイレベルなディスカッションをする場なのですね。私はそんなことも知らず、門外漢でも質問して、どこかの誰かから貴重な情報を得られれば、それを検証できれば良いと安易に考えていました。 　Webの利用は安易ではあるかもしれませんが、迅速性、広範性には優れた手段だと思っていました。しかし初心者が、このサイトの意義も理解できずに参加し、amiさんやHamoniaさんを不快な思いをさせたことを深く反省し、これを最後にしたいと存じます。 　皆様の研究ならびにこのサイトの有益なディスカッションが発展することを願っております。

(無題) 削除/引用 No.751-9 - 2012/07/13 (金) 08:19:57 - Harmonia No.0748 自分で考えもしないで、ネットで聞いてどうする。 っていうのも、時と場合によっては使うべき。 No.751-6 にも書いたけど、No.751-8 であげられたサイトで引っかかる遺伝子は、「事実」として制御されるのか「予測」や「推論」として制御される可能性があるのか、後者なら、なぜその結論が導き出せるのか。こういったことを考えないと、「夢のお告げでこの遺伝子を選んだ」というのと、なんらかわりがなくなります。 老婆心ながら、危惧したので、書きました。

(無題) 削除/引用 No.751-8 - 2012/07/13 (金) 01:44:05 - ami microRNA.orgです。ここに行って、target mRNAをクリック。興味ある遺伝子名を入れる。あとは検索ボタンを押せば、可能性のあるmiRNAが出てきます。あ、確か種も選べましたね。ヒトかマウスかラットかで選択したような。 頑張ってや

(無題) 削除/引用 No.751-7 - 2012/07/13 (金) 01:31:54 - ami 失礼しました。荒らしではありません。ある遺伝子を制御しうるmiRNAを挙げるサイトはありますよ。もううちに帰ってきてしまったので明日朝一番に投稿しますね。

(無題) 削除/引用 No.751-6 - 2012/07/12 (木) 23:20:11 - Harmonia ＞遺伝子名あるいはmRNAの配列を入力して、そこに結合する可能性のあるmiRNAをスクリーニングあうるようなデータベースあるいはソフトはあるのでしょうか？ そんなの自分でキーワード検索して探してください。 っていう程度の問題です。 そのキーワードが思いつかないなら、データベースを探す前に、関連論文を読み漁って、自分のフィールドがどういうキーワードの世界なのかをつかみましょう。 ちなみに日本語で「データベース マイクロRNA 標的遺伝子」でも、いろいろかかってきます。 で、仮にデータベースが見つかったとして、それを使うのですか？ 使うという根拠をどこに置きますか？ ようするに、そのデータベースはどのような原理で標的候補を示してくれますか、ということが分からないと、その先の研究が成功するか失敗するかは運次第です。 過去の論文を蓄積しただけのデータベースなら、事実があったという記述だけなので良いのですが、配列からのターゲット候補表示だと、正解の根拠をどこに求めれば良いのか、候補を選んだ原理が分からないと信頼できるかどうかの判断すらできません。

KYさん、ありがとうございます。 削除/引用 No.751-5 - 2012/07/12 (木) 23:13:36 - mir学生 KYさん、優しい励ましのお言葉ありがとうございました。 先輩は、このサイトにはとても親切な方が多くて、いろんなことを調べるきっかけを作るには、とても有益なサイトだと教えてくれました。 しかし、amiさんにお叱りを受けて、凹んでいました。 ちなみにmiRNAがターゲットにしうるmRNAを探す探すツールは、たくさん簡単に見つかりました。しかしその逆の、ある遺伝子のmRNAに関与しうるmiRNAをスクリーニングするサイトはなかなか見付けられませんでした。 そこでどなたか、こういうことに詳しい方の推奨するツールを教えて頂ければと思いました。 手がかりが掴めるかどうかは分かりませんが、しばらく待ってみます。

(無題) 削除/引用 No.751-4 - 2012/07/12 (木) 22:55:54 - KY amiさんというのは、いわゆるこの掲示板の荒らしなので、気にしなくていいですよ。どうやら数人のamiさんがいて、しかもこのような調子だからamiさんに恨みを持っている人が結構いるそうです。まぁ、フリーの掲示板だからいろんな人がいるんですよ。 私はmiRNAについては、門外漢ですが、だれか知っている人がいたら答えてくれるでしょう〜

amiさん、申し訳ありませんでした。 削除/引用 No.751-3 - 2012/07/12 (木) 22:23:46 - mir学生 当教室はmiRNAを扱ったことがありません。 先輩に尋ねたら、このサイトを紹介されました。 安易に質問したことを反省します。 お金のない教室なので、何か良いWebツールなどがあればと思い、お尋ねしました。 初心者が情報を収集するきっかけを探せるような場ではなかったのですね。 勘違いして参加してしまいました。 大変失礼しました。

(無題) 削除/引用 No.751-2 - 2012/07/12 (木) 21:41:00 - ami つ http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2012/biotechforum.cgi?mode=view;Code=748

結合しうるmiRNAデータベース 削除/引用 No.751-1 - 2012/07/12 (木) 18:21:27 - mir学生 初めてmiRNAの実験を行おうと考えている大学院生です。 自分の関心のある遺伝子の3'UTRに結合する可能性のあるmiRNAを検討しようと考えています。 遺伝子名あるいはmRNAの配列を入力して、そこに結合する可能性のあるmiRNAをスクリーニングあうるようなデータベースあるいはソフトはあるのでしょうか？ できれば無料で調べられるようなWeb上のツールがあると嬉しいのですが教えて頂けると幸いです。

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