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初心者です。miRNAの発現解析方法について。 トピック削除
No.7475-TOPIC - 2018/12/12 (水) 12:57:26 - tuntun
いつもお世話になっております。

vitroでmiRNAの発現解析を行っていきたいと思っているのですが、

mRNAを検出するqRTPCRのキットで同様に検出できるのでしょうか?

参考にさせて頂こうと思ったmiRNAを検出した論文には、mRNAを検出する際のqRTPCRのプロトコールしか書いてありませんでしたが、抽出からmiRNA用の専用キットも売られており、どちらが正しいのかよくわかりません。

基礎的な内容で申し訳ございませんが、お教え頂けたらと存じます。
 
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(無題) 削除/引用
No.7475-10 - 2018/12/14 (金) 18:43:46 - tuntun
おおさん、ご返信をありがとうございます。了解いたしました。


ふみさん、ご丁寧に学び方をお教え頂きましてありがとうございます。

試薬メーカーのウェブサイトや論文に、細かく載っているものなのですね。

調べ方が分からず、苦戦していたので、助かりました。

いい実験ができるように調べて頑張ります。

本当にありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.7475-9 - 2018/12/14 (金) 09:40:44 - ふみ
PMID:16314309 を読んでみるとよいですよ。
(ただし、この原理の検出キットはお勧めしません。)

それから、やったことのない手法を始める際には、試薬メーカーのウェブサイトや論文データベースにあたってみることをお勧めします。
はじめは有用な情報になかなか行き当らないかもしれませんが、既に世の中にある情報を自分で探せるようになることは今後のために重要だと思います。
よい実験研究ができますように。

(無題) 削除/引用
No.7475-8 - 2018/12/13 (木) 12:02:44 - おお
>得ることができない理由は、miRNAの塩基が短すぎるからなのでしょうか??

miRNAのRTを図で表したもの(複数方法があるけど)が見つかると思うのですが、それをみると理由がわかりませんか?

(無題) 削除/引用
No.7475-7 - 2018/12/13 (木) 11:40:00 - tuntun
Karasさん、ご丁寧に色々とお教え頂きありがとうございます。


>>miRNAのinternal controlだけで結構論文が出ているので、ご自身の扱うサンプルや実験条件と似た論文を探されると良いのではないでしょうか。


internal controlだけで論文が多数あるとは知りませんでした。
周りにmiRNA研究をしている者がおらず、大変勉強になりました。

まずは、論文を読んで、実際に実験してから選んでいこうと思います。
本当にありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.7475-6 - 2018/12/13 (木) 11:36:05 - tuntun
おおさん、再度ご返信を頂きましてありがとうございます。

miRNAのInternal controlには多数種類があり、方法論や実験対象によることを知らなかったので、大変勉強になりました。また、学んで検討させて頂きます。

調べてもよく理解できないので、ご存じでしたらお教え頂きたいのですが、・・・

>>ランダムプライマーやオリゴdTを直接RNAと混ぜてRTをやってもmiRNAの解析可能なcDNAを得ることができません。

得ることができない理由は、miRNAの塩基が短すぎるからなのでしょうか??

お忙しい中、大変恐縮ですが、よろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用
No.7475-5 - 2018/12/13 (木) 08:38:50 - Karas
miRNA qPCRにベストなinternal controlは自身で実験して選んで頂くより他にありませんが、まず試してみる候補であれば

Human: RNU48, RNU44, U47, and RNU6B
Mouse: snoRNA202 and snoRNA234
Rat: U87 and 4.5S RNA(H)

をthermofisherは勧めています。
刺激の有無による影響が少ないコントロールを選ぶのが一番正確です。しかしながら実際には論文中で頻繁に使われるコントロールを検討実験無しで選ばれる方も多いようです。
もしラボで同様の実験をされた方が居ないのであれば、コントロールを選ぶ作業からすることで、以降の他の方の実験にも資するかも知れません。

U6ですが実験系によっては安定でないという報告もあるので一概に良いとは言えないようです。miRNAのinternal controlだけで結構論文が出ているので、ご自身の扱うサンプルや実験条件と似た論文を探されると良いのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.7475-4 - 2018/12/13 (木) 02:43:31 - おお
>Internal controlは、何を用いるのがベストであるか、

ベストは何かと言われても答えられません。

方法論、実験対象によるだろうからそれに基づいて判断するべきと書きました。

(無題) 削除/引用
No.7475-3 - 2018/12/12 (水) 23:34:17 - tuntun
おおさん、ご丁寧にご返信を頂きましてありがとうございます。

他のmiRNA関連の論文ではmiRNAキットを使用した記載がありましたので、参考として見た論文のプロトコールにmiRNAキットの記載が抜けていた可能性が高いのではないかと思いました。

Internal controlは、何を用いるのがベストであるか、ご意見がございましたらお教え頂けたらと存じます。( U6 snRNAなどでしょうか?)

(無題) 削除/引用
No.7475-2 - 2018/12/12 (水) 23:13:24 - おお
抽出については、TrizolやRNAzolなどを使うとTotal RNAとしてえられたRNAの中にmiRNAが含まれている。RNAzolはmiRNAなどをその他TotalRNAから分けて取る方法もマニュアルに書いてあったと思います。

その他キットはmiRNAが小さ過ぎてカラムにつかないなど問題点があったりするのでmiRNAが抽出できるという謳い文句があるキットを使うべきかと思います。

cDNA合成はmRNAのようには行きませんのでmiRNA用の方法を使わなければできないでしょう。いいかえると、ランダムプライマーやオリゴdTを直接RNAと混ぜてRTをやってもmiRNAの解析可能なcDNAを得ることができません。

その後のqPCRはほかのmRNAなどと同じ方法ででできますが、Internal controlをどうするかはちょっと考えるべきでしょう。

初心者です。miRNAの発現解析方法について。 削除/引用
No.7475-1 - 2018/12/12 (水) 12:57:26 - tuntun
いつもお世話になっております。

vitroでmiRNAの発現解析を行っていきたいと思っているのですが、

mRNAを検出するqRTPCRのキットで同様に検出できるのでしょうか?

参考にさせて頂こうと思ったmiRNAを検出した論文には、mRNAを検出する際のqRTPCRのプロトコールしか書いてありませんでしたが、抽出からmiRNA用の専用キットも売られており、どちらが正しいのかよくわかりません。

基礎的な内容で申し訳ございませんが、お教え頂けたらと存じます。

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