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8アミノ酸を機能不全にさせるとき、アラニン置換かGGGSx2か トピック削除
No.7461-TOPIC - 2018/12/07 (金) 02:50:40 - 変異体
タンパク質の一時配列内に興味ある機能的なドメインらしきものを見つけました。
8アミノ酸あります。このうち3つを潰すと予想通りの大幅な機能欠失を見れました。

ボスから、8つ全て潰してみようと言われ、8つを欠失させるか、アラニンに全て置換するか、はたまたグリシンセリンリンカーに置き換えるかで悩んでいます。

みなさまならどうされますでしょうか?
個人的には欠失よりかは、アラニンかグリシンセリンリンカーでいいかと思いますが...
 
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(無題) 削除/引用
No.7461-4 - 2018/12/07 (金) 08:34:26 - おお
>その細胞質ドメインは非常に短く、30アミノ酸もなく、

えっと、ようするにその30アミノ酸の部分にある8アミノさんということですか?

報告はないということですが、構造予測はできると思いますよ。それでヘリックスやベーターシートをとっている可能性があるなら構造と機能の関係をどう捉えるか考えた上でアミノ酸をいじるのがいいんじゃないかと。

(無題) 削除/引用
No.7461-3 - 2018/12/07 (金) 07:07:02 - 変異体
ありがとうございます。

このタンパク質は1型膜タンパク質でして、130kDaの分子量で小胞体に局在しています。
その細胞質ドメインは非常に短く、30アミノ酸もなく、これまでの報告でもただ細胞質ドメインはぶらぶらしてるだけで特に機能的なものはないだろうと考えられて来ました。

タンパク質の構造情報はこれまでに報告はなく、アラニン置換体でどうだろうかとサブミッションボタンを押すかどうかでしばらく悩んでいます。

(無題) 削除/引用
No.7461-2 - 2018/12/07 (金) 07:03:13 - おお
そのタンパク質の構造について(特にその領域について)わかることを加味して考えたいところですが、、、

8アミノ酸を機能不全にさせるとき、アラニン置換かGGGSx2か 削除/引用
No.7461-1 - 2018/12/07 (金) 02:50:40 - 変異体
タンパク質の一時配列内に興味ある機能的なドメインらしきものを見つけました。
8アミノ酸あります。このうち3つを潰すと予想通りの大幅な機能欠失を見れました。

ボスから、8つ全て潰してみようと言われ、8つを欠失させるか、アラニンに全て置換するか、はたまたグリシンセリンリンカーに置き換えるかで悩んでいます。

みなさまならどうされますでしょうか?
個人的には欠失よりかは、アラニンかグリシンセリンリンカーでいいかと思いますが...

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