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レンチウイルスベクターによる宿主の遺伝子発現への影響 トピック削除
No.7427-TOPIC - 2018/11/22 (木) 14:58:37 - axela
初歩的な質問で申し訳ありません。現在CRISPR/Cas9によるゲノム編集において、sgRNAの発現をレンチウイルスベクターにて行っていますが、これによって挿入されたプロウイルスによる宿主遺伝子の発現への影響はほとんどないと考えて良いのでしょうか。そもそも1箇所ではなく複数箇所で挿入が生じると影響が出てもおかしくないように思うのですが。つまり宿主遺伝子の発現に影響のある場所への挿入の可能性というものが、ゲノム全体で見ると無視できる範囲なのでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.7427-3 - 2018/12/04 (火) 08:45:52 - Karas
基本的にはレンチウイルスベクターはアッセイで使い、
後でしっかりと見つかってきたものを見極める必要があります。
あくまでガサッと幾分好い加減に候補を捕まえてくることを
主目的とした方法です。

そうでなくともウイルスを感染させたりCas9を発現させること自体、
それなりに細胞にとって影響があります。

多少発現が落ちてもいいからゲノムに組み込ませたくないというのであれば
インテグラーゼ欠損第4世代レンチウイルスベクター(Clontech)
Non-integrative LV (NILV)
が利用できます。

ただ簡便な方法として、Cas9タンパク質とgRNAの複合体を細胞に導入する
Alt-R® CRISPR-Cas9 SystemがIDTから発売されておりますので、
そちらの方が(もちろん実験目的や細胞株に依りますが)お勧めです。

(無題) 削除/引用
No.7427-2 - 2018/11/22 (木) 18:03:59 - おお
>ゲノム全体で見ると無視できる範囲なのでしょうか。

なんでそんな事が言えるのかふしぎですけど。

レンチウイルスベクターによる宿主の遺伝子発現への影響 削除/引用
No.7427-1 - 2018/11/22 (木) 14:58:37 - axela
初歩的な質問で申し訳ありません。現在CRISPR/Cas9によるゲノム編集において、sgRNAの発現をレンチウイルスベクターにて行っていますが、これによって挿入されたプロウイルスによる宿主遺伝子の発現への影響はほとんどないと考えて良いのでしょうか。そもそも1箇所ではなく複数箇所で挿入が生じると影響が出てもおかしくないように思うのですが。つまり宿主遺伝子の発現に影響のある場所への挿入の可能性というものが、ゲノム全体で見ると無視できる範囲なのでしょうか。

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