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(無題) 削除/引用 No.7421-9 - 2018/11/21 (水) 11:35:19 - asan いずれも経験則的な部分もあると思うんですが、pY抗体は強い結合のものが複数昔から発表されてますが、クローンによって周辺の配列の影響の偏りがあることは知られてます。おそらく周囲のアミノ酸配列とも相互作用しつつ中心のリン酸基がうまくハマるようなポケットを形成してるのだと思うので、必ずしも0/100ではないが、リン酸基の有無によってS/Nが強く出るようなものなんだと思います。 セリンスレオニン抗体については、怪しいのは売られてますがこれまでまともに使えるのは報告されてないので、あくまでおまじない程度の特異性だと思った方がいいです。

(無題) 削除/引用 No.7421-8 - 2018/11/21 (水) 09:56:18 - mon 低分子を認識する抗体には、抗ビオチン抗体もありますよ。 抗体のエピトープ認識様式としては、 (1)相手がタンパク等の高分子抗原の場合、複数のCDRの（頂点付近？の）1~数個のアミノ酸が抗原の広い範囲に点在する複数部位に3次元的に結合する（水分子が間にある場合もあるので「相互作用する」と言った方が正しいかも）、 (2)相手がペプチドのような線状構造の場合、6つのCDRが形成する溝に抗原がはまり、（溝部分のすべてのアミノ酸が関与するわけではないが）CDRの複数のアミノ酸が抗原と相互作用する、(3)相手が低分子の場合、6つ（？）のCDRが形成する穴構造に、抗原がはまりCDRの複数のアミノ酸が抗原と相互作用する、 (4)ラクダ抗体のような特殊なVHだけで結合する抗体は、抗原の穴にVH-CDR3の塊がはまる、 (5)上記様式が組み合わさったもの、等があります。 エピトープ・抗体間に疎水結合・イオン結合があると結合力は強くなります。 汎用抗リン酸化チロシン抗体に比べ、汎用抗リン酸化セリン抗体に良い物がない(?)のは、セリンの構造(小さく、極性等の特徴がない）が原因だと思います。

(無題) 削除/引用 No.7421-7 - 2018/11/21 (水) 02:49:46 - おお 個々の事例については構造が解析されているかでしょうけど、例えば抗体に限らずコファクターや基質などの小分子に強いアフィニティーで結合する蛋白もありますし、Drugスクリーニングでは意外と小さな分子がある蛋白に強いアフィニティーで結合したりするのもあるようですし、抗体であればニューロトランスミッターに対する抗体もできるみたいなので、アミノ酸一個分ぐらいの大きさの分子に強いアフィニティーをもつ抗体がたまたまできても不思議ではないような気もします。

(無題) 削除/引用 No.7421-6 - 2018/11/21 (水) 02:11:20 - おお https://pubs.acs.org/doi/pdfplus/10.1021/jacs.8b08402 こちらの構造の解析ではペプチドのバックボーンも関与しているように見えます

(無題) 削除/引用 No.7421-4 - 2018/11/20 (火) 21:52:51 - ふらいむ アミノ酸ではないですが、 抗DIG抗体や抗BrdU抗体はどうやって認識してるんでしょうね。 DIGは確か分子量390くらいだったはずです。

(無題) 削除/引用 No.7421-3 - 2018/11/20 (火) 21:39:53 - AP 鍵だって、一箇所でも山、谷が合わないところがあれば、他のギザギザがすべて一致していてもロックは開けられない。

(無題) 削除/引用 No.7421-2 - 2018/11/20 (火) 21:37:33 - AP 一つのアミノ酸を見分ける抗体というのは、あるかもしれませんが、原理上、普通はありえません。 エピトープ、あるいは抗原決定基になるには10 aa前後のペプチドの配列が必要です。そのなかのあるアミノ酸がリン酸化されている場合と、されていない場合のペプチド全体の形を区別する抗体というだけで、一個のアミノ酸を区別しているわけでも、アミノ酸一つに結合しているわけでもありません。 学生時代に授業でならった記憶があるんだけれど、エピトープやハプテンの概念が生まれたのは、芳香環化合物でタンパク質をパプテンかするばあい、抗体はその化合物のオルト、パラ、メタの位置異性体を区別するという発見があったそうだ（だれの発見だったか記憶はないが）。

抗体の結合力について 削除/引用 No.7421-1 - 2018/11/20 (火) 16:58:13 - pept セリンのリン酸化をWBで見る実験をしていてふと思ったのですが、１つのアミノ酸に結合する抗体って、本当にそこだけで結合できるのでしょうか？ 実際にできているんだからできるんだろうとは思うのですが、不思議に思います。 また、セリンやトレオニン、チロシンの見分けがつくというのもなかなか感覚的に理解できません。 学部生の頃は勉強不足だったためか、タンパク質同士の結合には立体構造が重要で、だからこそ多種多様な（特異性の高い）結合ができるんだと思っておりました。しかし、院の講義で抗体は数個のアミノ酸を認識して結合するということを知り、それで結合できるのか？数個の認識で数多あるタンパク質を個々に区別できるのか？と思っておりました。 まさか、アミノ酸１つで結合する抗体があるとは。。。（もっとも、この場合はタンパク質の区別自体はしていないわけですが） 変な質問かも知れませんが、よろしくお願いします。

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