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細胞実験の統計処理 トピック削除
No.7412-TOPIC - 2018/11/16 (金) 21:24:17 - gmwtpadm
細胞に対して刺激を加えたときの生細胞数の増減について統計処理を行いたいと考えています。Controlとそれぞれの刺激時間の群との比較を行いたいのですがどの統計処理を用いればよいか悩んでいます。当初はダネットの検定を用いていたのですが、様々な論文を見ているとANOVAなど、様々な方法が用いられており統計初心者の身からすると使い分けがよく分からなくなってきました。

質問は以下の2つです。
1.上記のような実験の場合にダネットの検定を用いるのは不適当なのか
2.細胞増殖に関して、ある程度の細胞数があれば正規分布に従うのは何となくわかりますが、それに対して刺激を加えるなどする実験に関して正規分布を仮定するのはそもそも間違いか

統計初心者ですので、質問自体におかしな点があるかもしれません。
よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.7412-6 - 2018/11/18 (日) 07:43:35 - おお
>実験結果をグラフとして表す際にコントロールを100%として表した場合に、その検定結果は意味をなさないのでしょうか。

例えば毎回のコントロールの実測値の平均を出してそれを100%としてそれぞれの結果を%に換算すると、コントロールもSD値がでるし、実測値とおなじ統計的手法がとれるし統計的Out putは実測値と変わらない(ものさしまたはUnitが変わっただけです)。

一回の実験の結果を100%としてその時のテストした結果が何%か求めた場合、1回目も、二回目も3回目もコントロールは100%なので上記のような統計的手法は使えないと言うことです。

(無題) 削除/引用
No.7412-5 - 2018/11/18 (日) 00:33:51 - gmwtpadm

回答ありがとうございます。
とりあえずはダネットの検定を継続して行いたいと思います。
もう少し統計の勉強はします。

それからもう1つ質問です。
実験の結果が定量的に出たとして(上記の実験の例で言えば細胞数とか)、それをコントロールと比較して検定したとします。
実験結果をグラフとして表す際にコントロールを100%として表した場合に、その検定結果は意味をなさないのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.7412-4 - 2018/11/17 (土) 07:14:55 - おお
>ん、変数が刺激時間だけならOne way ANOVAですね。。。

あ、やっぱり2Wayだ。各時間での測定値がもう一つの変数なので。

(無題) 削除/引用
No.7412-3 - 2018/11/17 (土) 05:25:58 - おお
ん、変数が刺激時間だけならOne way ANOVAですね。。。

(無題) 削除/引用
No.7412-2 - 2018/11/17 (土) 04:44:58 - おお
Two way anovaということになるでしょうけど、そのときのPost hoc Analysisについてはあまり扱ったことがないので、詳しくはかけません。

正規分布かいなかについては厳密には時間と効果の関係などを関数で示せるか、または容量と効果の関係を関数で示せるかで判断するしかないとおもいますが、まずは不可能ですし扱っているタイムポイントのブレが時間と効果の関数を無視できるぐらい小さいなら正規分布と言ってもいいだろうという考えも成り立つので、厳密にそういう理論としてるとまで言えないとしても、正規分布すると言うことで処理することは多いかとおもいます。逆にいうと正規分布でないという明らかな理屈がなければ正規分布で扱うといってもいいのかもしれません。正規分布でないとするなら、ノンパラか関数による変換をすることになりますからいろいろと見直すことになると思います。

ダネットにかぎらず大抵の場合は各データーの分散が等しいという縛りがあると思います。ただそこはあまり突っ込まないでやってる事が多いかなと(不等分散用にダネットCというのがあるようですけどNを稼がないと検出感度があがならいかも)。ダネットはANOVAを必要としませんが、ANOVAをかけてもいいです。不等分散がきになるならWelch's t-testで検定して、手計算でBonferroniかHolm stepwiseで多重検定補正をかけてしまうこともできるにはできます。同様にANOVA Post hocで対応できないような方法論(コントロールを100%で固定するとか)のばあいもOne sample T-testしてBonferroniかHolm stepwiseで多重検定補正してもいいでしょう。

細胞実験の統計処理 削除/引用
No.7412-1 - 2018/11/16 (金) 21:24:17 - gmwtpadm
細胞に対して刺激を加えたときの生細胞数の増減について統計処理を行いたいと考えています。Controlとそれぞれの刺激時間の群との比較を行いたいのですがどの統計処理を用いればよいか悩んでいます。当初はダネットの検定を用いていたのですが、様々な論文を見ているとANOVAなど、様々な方法が用いられており統計初心者の身からすると使い分けがよく分からなくなってきました。

質問は以下の2つです。
1.上記のような実験の場合にダネットの検定を用いるのは不適当なのか
2.細胞増殖に関して、ある程度の細胞数があれば正規分布に従うのは何となくわかりますが、それに対して刺激を加えるなどする実験に関して正規分布を仮定するのはそもそも間違いか

統計初心者ですので、質問自体におかしな点があるかもしれません。
よろしくお願いします。

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