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(無題) 削除/引用 No.7403-5 - 2018/11/16 (金) 08:39:05 - おお まあエネルギー的な安定性や安定な形に至るまでのありえるダイナミクスを考えるとそれなりの計算がいるんでしょうけど、大体の感じを掴むにはアミノ酸が１０以下なら分子模型を組み立ててみるというのも（冗談と思うかもしれませんが）そういうのもありかもしれない。 https://www.sigmaaldrich.com/japan/labware/molecular-models.html

(無題) 削除/引用 No.7403-4 - 2018/11/15 (木) 12:38:31 - pept mozさん　おおさん ご回答ありがとうございます。 現在ペプチドの標的は分かっていない状態で、単純にペプチドを削っていってどの残基が無くなると細胞への影響が見られなくなるかといったことまでしかできておりません。折れ曲がり構造などは予測できるかもしれないがそれなりの機材が必要であるという感じですね。なかなかそこまでするのは難しいため、立体構造に関しては特に必要性が示されるまでは保留にすることにします。

(無題) 削除/引用 No.7403-3 - 2018/11/15 (木) 07:48:53 - おお 量子コンピューターの計算力を示すためにペプチドの構造をSimulationした論文を見たことがあります。ペプチドの水溶液でどのように水（周りの環境）と相互作用してどのような構造に落ち着き得るかSimulationしたものじゃないかなとおもいます。 数年前に蛋白の構造が決まらないフレキシブルなところが大事でそれに対してのアプローチがなされた論文がたしかScienceに出たんじゃなかったかな。 ヘリックスなどをとるとか、ダイマーになるとか、S-S結合ができるとか、金属イオンを抱え込むとか（MgやCaなど、ばあいによってはNa+を特異的とは言えないけど抱え込むかもしれない）するなら、構造がある程度固定されるでしょうね。 Ramachandran Plotというのがあって、隣り合うペプチド結合で形成される平面の角度にかなり制限がありそれをもとにかなりラフかもしれないけどバックボーンの折れ曲がり方のいくつかの候補を予測できるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.7403-2 - 2018/11/14 (水) 19:27:56 - moz 標的に結合したらアミノ酸の側鎖とかの位置関係は確定するでしょう。 電荷・疎水性等に偏りが無い限り水溶液中ではランダムだと思います。 アルファヘリックスになるか否かはある程度予測できるかも。。

ペプチドの立体構造について 削除/引用 No.7403-1 - 2018/11/14 (水) 17:18:20 - pept アミノ酸5-10ほどのペプチドの立体構造解析というのはあるのでしょうか？ とあるペプチドの細胞への影響を見ているのですが、必要最小限のアミノ酸配列に関しては調べたものの、立体構造と活性の関係についてはどうなのかという意見が出ました。しかし、調べて見ても立体構造というとタンパク質の解析ばかりでオリゴペプチドの解析というのがどのようなものなのか分かりませんでした。タンパク質ならば立体構造が重要なのはわかるのですが、オリゴペプチドレベルですとフォールディングもしなさそうですし、立体構造を調べる意義はあるのかも分かりません。 当方、立体構造解析に関しては全く無知なためご教授願えるとありがたいです。

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