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(無題) 削除/引用 No.7373-4 - 2018/11/06 (火) 07:52:54 - R がんばってください。 macかwindowsでも仮想デスクトップでlinuxを入れたりして、 コマンド処理できると加工できると思います。 お近くに次世代シーケンサーのインフォマティシャンがいれっしゃれば、 相談されると良いです。 あまりスマートではないかもしれませんが、 こういうやり方もあると言うことで。

(無題) 削除/引用 No.7373-3 - 2018/11/06 (火) 03:14:20 - INT 遅くなりましたが、Rさんどうもありがとうございます。 そもそもGTFファイルが何かすら知らなかったんですが、ゲノム情報ファイルなんですね。38 MBでダウンロードした圧縮ファイルを解凍したら808 MBのファイルが生成されたんですが、テキストエディタで開いたらでかすぎてエディタが落ちちゃいました(笑) Perl等の知識は皆無ですが、このデータをもとに色々見てみようと思います。 有益な情報、どうもありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.7373-2 - 2018/11/05 (月) 10:55:58 - R ご自身で作成可能と思うよ。 https://bi.biopapyrus.jp/rnaseq/mapping/gtf.html

イントロンの数を含めた遺伝子リスト 削除/引用 No.7373-1 - 2018/11/05 (月) 09:38:21 - INT 不慣れな領域のため頓珍漢な質問かもしれないんですが、ヒトの遺伝子リストで、各遺伝子mRNAのイントロンの数を列挙して一覧表示してくれるデータベースってあるものでしょうか？ この際全遺伝子ではなくても、著名なハウスキーピング遺伝子のみでもいいので、手作業で検索するのもありなのですが、何かスマートなやり方がないものかと気になりました。 情報お持ちの方がいらっしゃいましたら、アドバイスいただけると大変幸いです。

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